Menu

Konkurz na obsazení místa Ph.D. studia


Laboratoř bioinformatiky a Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese
Mikrobiologického ústavu AVČR, v.v.i.
vypisují

konkurz na obsazení místa PhD studia

Identifikace transkripčních regulačních sítí
v modelových mikroorganizmech

Projekt bude používat moderních experimentálních metod a
aplikovat nejmodernější výpočetní techniky na analýzu
biologických dat pro popis a pochopení funkce buňky v různých
fázích vývoje.

Mikroorganismy jsou alfou a omegou života na Zemi. Pochopení jejich
fungování je klíčem pro nové biotechnologie i léky. Systémová biologie se
zabývá studiem molekulárních buněčných procesů nejen na úrovni interakcí
jednotlivých molekul ale především na úrovni buněčných procesů jako celku
(systému). Cílem projektu je zjištění interakcí mezi regulátory transkripce
modelových bakterií, obvykle sigma faktory, a ostatními geny tvořícími jejich
regulony. Bude použito numerického modelování kinetiky exprese za účelem
vytvoření simulačních modelů regulace transkripce. Zjištěné vztahy pak budou
převedeny do formy transkripčních regulačních sítí a jejich funkce bude
ověřována experimentálně. Projekt je kombinací molekulárně biologických a
bioinformatických přístupů a bude používat metody genové manipulace a
DNA/RNA sekvenování (next generation sequencing) jako jsou ChIP-seq, RNAseq.

Požadavky – jedná se o interdisciplinární projet, který je vhodný pro biology se
zájmem o bioinformatiku nebo informatiky se zájmem o biologii. Experimentální
práce bude podporována laboratorním personálem a smluvními sekvenačními
centry. Pro práci budou využívány standartní bioinformatické nástroje jako
Chipster, Galaxy a nástroje vytvořené v laboratoři, je možný i další vývoj
algoritmů specifických pro studovanou problematiku.

Dobré platové podmínky

Projekt je podporován velkou infrastrukturou pro systémovou biologii C4Sys
(http://c4sys.cz/systems-biology/), která je součástí evropské infrastruktury
ISBE (infrtastructure for systems biology, http://project.isbe.eu/ )

Kontakt: vohr@biomed.cas.cz

nabídka (PDF)