Menu

Kde se vyskytují sladkovodní bakterie Limnohabitans linie LimA?


Bakterie ze skupiny betaproteobakterií náležejí k nejvýznamnějším zástupcům společenstev bakterií ve sladkých vodách. Mezi betaproteobakteriemi mají ve sladkých vodách největší ekologický význam bakterie řazené do rodů Polynucleobacter a Limnohabitans. Oba dva tyto rody tvoří několik geneticky rozlišitelných linií. V případě rodu Polynucleobacter se tyto linie liší ekologickými strategiemi svých zástupců. Bakterie linie PnecC se většinou vyskytují v kyselých vodách s vysokou koncentrací huminových látek, čili přírodních organických látek, vznikajících rozkladem organické, převážně rostlinné hmoty. Bakterie linie PnecB se zase vyskytují v méně kyselé vodě s vysokou primární produkcí fytoplanktonu.

Bakterie rodu Limnohabitans mají podle dosavadních poznatků vesměs podobné ekologické nároky, které se blíží bakteriím Polynucleobacter linie PnecB. Preferují tedy méně kyselé vody s vyšší produkcí biomasy. Odborníci již dříve prozkoumali ekologický význam a dynamiku populací bakterií Limnohabitans linií LimB, LimC, LimD a LimE. Ekologické nároky a rozšíření bakterií linie LimA ale zůstávali nejasné.

 

Karel Šimek a Petr Znachor z Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích a z Biologického centra AV ČR se svými kolegy vyvinuli nový postup, který jim umožnil ve dvou krocích identifikovat bakterie Limnohabitans linie LimA. Tento postup následně použili při studiu více než tisícovky vzorků z celkem 46 sladkovodních lokalit, včetně dlouhodobě sledovaného Curyšské jezera ve Švýcarsku a nádrže Římov na jihu Čech.

Výsledky výzkumu ukázaly, že bakterie Limnohabitans linie LimA jsou ve zkoumaných sladkovodních vzorcích všudypřítomné a zároveň velmi hojné. Výskyt bakterií LimA ve studovaných nádržích, a také statistické analýzy biologických i fyzikálně-chemických vlastností potvrzují, že bakterie linie LimA preferují vodu s rozpuštěnou organickou hmotou. Naproti tomu bakterie z dříve studovaných linií LimB, LimC, LimD a LimE dávají přednost vodě s vysokou primární produkcí fytoplanktonu.

Shabarova, T., Kasalický, V., Šimek, K., Nedoma, J., Znachor, P., Posch, T., Pernthaler, J., Salcher, M. M. 2017. Distribution and ecological preferences of the freshwater lineage LimA (genus Limnohabitans) revealed by a new double hybridization approach. Environmental Microbiology online 6. 2. 2017.

Kontakt: prof. RNDr. Karel Šimek CSc. (ksimek at hbu.cas.cz)