Filling the BSc and MSc assignment form


Do not forget to fill out the Assignment of the Bachelor/Master thesis form with your supervisor and bring it signed to the head of the Institute.

To help you with filling in this form we prepared these instructions.

If you need a signature by Prof. Vácha, you can contact the secretary of Dept. of Chemistry Ms. Magdalena Kucerova - kucerovam (at) prf.jcu.cz, phone 38 777 6247, you can find her in the Bldg. C, 2nd floor, room 02 035.

Currently, during the SARS-CoV-2 pandemics, all the signatures can be provided electronically (print-sign-scan-send) and the form with all the signatures can be sent by e-mail to the Study Dept. (ricanova (at) prf.jcu.cz) and to Ms. Kucerova (kucerovam (at) prf.jcu.cz).

We prepared some instructions for students preparing their Bachelor and Maters theses. DO NOT forget to include the "thesis declaration" - you can find the actual version of the Faculty website (in Information for Students) and consult also your supervisor on how to prepare the thesis.

Topic Na koho se obrátit
Self-organization of bacteriochlorophyl nanostructures. Prof. František Vácha
Isolation and preparation of phycobillins from light-harvesting complexes of cyanobacteria and their chemical modification. Prof. František Vácha
Chemical modification of bilirubin. Prof. František Vácha
Glycomic and glycoproteomic profile of ticks and other blood-feeding arthropods. Dr. Ján Štěrba / Dr. Filip Dyčka
Localization of sialylated and fucosylated glycans in biological samples using bioorthogonal chemistry. Dr. Ján Štěrba
Analysis of N-glycosylation sites in blood-feedign arthropods (bioinformatics). Dr. Ján Štěrba
Glycosidase activity in fish seminal fluids. Dr. Ján Štěrba
Detection of antiviral proteins isoforms in human neural cells infected by TBEV. Dr. Martin Selinger
Elektronová mikroskopie fotosyntetických membrán a proteinových komplexů Dr. Radek Litvín
Chování fotosyntetického aparátu je dané nejen vlastnostmi jeho jednotlivých složek, ale i jejich vzájemným prostorovým uspořádáním ve fotosyntetické membráně. Fotosyntetická membrána v chloroplastech vytváří specializované domény obsahující komponenty řetězce přenašečů elektronů. Zdá se, že jen výjimečně jsou zastoupeny všechny proteinové superkomplexy jako v učebnici. Elektronovou mikroskopií lze studovat tyto jevy od úrovně ultrastruktury membrán až po jednotlivé proteinové komplexy.
Role karotenoidů v ochraně fotosyntetických proteinů před tripletními stavy chlorofylu Dr. Radek Litvín
Molekuly chlorofylu jsou v autotrofních organismech vždy asociovány s karotenoidy. Funkcí fotosyntetických karotenoidů je jak rozšíření spektrálního okna pro sběr energie tak i ochrana organismu před kyslíkovými radikály, které jsou jinak nechráněným chlorofylem účinně generovány. Vlastnosti této ochranné funkce nejsou zřejmé zejména v případě systémů s 'nestandardními' karotenoidy jako mají některé eukaryotní řasy. V práci budou studovány jak přírodní komplexy, tak syntetické modelové systémy.
Struktura pigment-proteinových komplexů fotosyntetických membrán a jejich funkce Dr. Radek Litvín
Světlosběrné komplexy jsou pravděpodobně nejdynamičtější součástí fotosyntetických membrán. Pigmenty pro sběr světelné energie jsou drženy proteinovou kostrou v přesných polohách a ve vysoké hustotě (až 0.5 M). Ačkoliv chybné postavení pigmentů může být pro fotosyntetický organismus smrtící, existuje mnoho variant kombinací druhů chlorofylů i karotenoidů. Klíčovou roli ve funkci výsledného komplexu má pak právě proteinový skelet, který lze zkoumat z bioinformatického nebo biochemického pohledu. Zaměřením práce může být jak teoretická analýza vlastností proteinů a srovnání s experimentem tak i sledování dynamiky fotosyntetické membrány v krátkém (minuty) či dlouhém (dny a týdny) časovém horizontu.