ICTTD Bioinformatics Workshop 2008

ICTTD Bioinformatics Workshop: CAS (cDNA annotation system) - a bioinformatics tool suitable for mining tick, tick-borne pathogen and mammalian ESTs. 8. - 15.6.2008


 

ICTTD Bioinformatics Workshop, České Budějovice

8. - 15. června 2008
 

 
 

 Přírodovědecká fakultu JU a Parazitologický ústav Biologického centra AV ČR hostila ve dnech 8. až 15. června 2008 mezinárodní bioinformatický workshop Evropské unie s účastníky a vyučujícími/přednášejícími z celého světa. Pracovní setkání/workshop či praktický kurz je pořádán v rámci mezinárodního konsorcia pro výzkum klíšťat a klíšťaty přenášených nemocí (ICTTD = International Consortium of Ticks and Tick-borne Diseases, koordinátorem projektu je prof. F. Jongejan z Univerzity v Utrechtu, Holandsko). Naše českobudějovické pracoviště bylo jedním z 45 členských pracovišť/laboratoří zapojených do tohoto konsorcia - ´sítě excelence´ v rámci 6. Rámcového programu Evropské unie.

 

V minulosti jsme byli poctěni organizací kurzu moderních bioinformatických metod umožňujících efektivní zpracování a využití sekvenčních dat z genových a geonomových studií klíšťat a jimi přenášených patogenů (viry, baterie a prvoci). Pořádání takového prestižního podniku jakým je mezinárodní bioinformatický workshop si velmi považujeme, neboť je to také určité uznání naší práce v oblasti výzkumu klíšťat a jimi přenášených patogenů na společném pracovišti Akademie věd a Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. 

 

Z rozpočtu konsorcia ICTTD byly hrazeny cestovní a pobytové náklady účastníků a vyučujících/přednášejících. K praktickému kurzu v Českých Budějovicích v červnu 2008 bylo vybráno celkem 26 účastníků, vesměs doktorandů a mladých vědeckých pracovníků z 16 různých zemí světa (Ghana, Japonsko, JAR, USA, Mexiko, Argentina, Čína, Holandsko, Brazilie, Indie, Německo, Španělsko, Gambie, Sudán, Slovensko, Česká republika).

Celkem 10 vyučujících praktických i teoretických lekcí přijede z USA, Brazilie, Anglie, Španělska a Německa. Nejmodernější poznatky z oboru předávali přední odborníci z N.I.H. (Národní zdravotní ústavy, Bethesda, MD, USA), ze Sanger Institute v Cambridge, UK a dalších renomovaných pracovišť. Účastníci i vyučující měli k dispozici zbrusu novou počítačovou učebnu s nejmodernější audiovizuální technikou, superrychlým internetovým připojením a dalšími nezbytnými vymoženostmi moderních informačních technologií. Pro vytvoření co nejpříjemnějšího pobytu pro účastníky i učitele jsme připravili také zajímavou nabídku pro společenský program včetně exkurze do Budvaru a jednodenního poznávacího výletu za půvaby jižních Čech.  

 

 

V posledních dekádě bouřlivého (technického) rozvoje molekulární biologie jsme se ocitli v éře genomiky a proteomiky. Pro tu je typické pořizování úplných sekvencí genů či celých genomů, jakož i proteinů a jejich kompletních funkčních souborů – proteomů, u velkého množství organismů, klíšťata a jimi přenášené patogeny nevyjímaje.

Bioinformatika je moderní věda na rozhraní molekulární biologie/genetiky a informačních technologií, jejíž odborný jazyk přímo hovoří o ´dobývání/dolování dat´(= ´data mining´). To sebou přináší potřebu rychlého vyhodnocení a spolehlivé interpretace funkčního významu (funkční genomika) sekvenčních údajů z plnících se genových a genomových databází. Jinými slovy, stojíme před problémem jak z prakticky nekonečného pořadí jednotlivých písmenek/nukleotidů genetického kódu rozluštit tajenky skutečných genů kódujících každý jednotlivý enzym, vazebný protein či jinou bílkovinu daného organismu. A také jak účelně využít jejich stavebnicového charakteru a vzájemné podobnosti genů k závěrům o historickém vývoji určitých vlastností molekul a potažmo celých organismů. Tato mravenčí práce spojená s hledáním odpovědí v tajenkách funkčních vlastností obrovského množství molekul se týká také klíšťat a jimi přenášených patogenů.

V poslední době bylo v USA dokončeno sekvenování genomu prvního klíštěte druhu Ixodes scapularis, které je blízkým příbuzným našeho klíštěte obecného (I. ricinus). Racionální třídění získaných sekvenčních dat nám umožní v blízké budoucnosti posunout výrazně dosud omezené možnosti v poznání mechanismů přenosu patogenů klíšťaty na molekulové úrovni. A to, doufejme, přispěje k vývoji moderních vakcín proti klíšťatům a jimi přenášených nemocem.  

 

Pro nás jsou klíšťata spojena zejména s přenosem klíšťové encefalitidy a lymské boreliózy, dvou nejzávažnějších infekčních onemocnění člověka ve střední Evropě. V celosvětovém měřítku (Afrika, Austrálie, Latinská Amerika, Asie) je ovšem závažnost klíšťat coby přenašečů/vektorů infekčních nákaz je ještě mnohem výraznější, zejména dramatickým dopadem na ekonomiku zemědělství (chovy skotu masivně postižené závažnými nemocemi, ehrlichiózou, babesiózou, theileriózou, atd.).