vedoucí Laboratoře srovnávací cytogenetiky a genomiky

Přírodovědecká fakulta JU
Branišovská 31, 37005 České Budějovice
budova B, přízemí, číslo dveří 183

Email: petr.nguyen@prf.jcu.cz
Tel. +420 387 772 277

Životopis

ResearcherID: G-5826-2010
narozen: 17. března 1984 v Čáslavi

Vzdělání

2013    Ph.D. "cum laude" v oboru Molekulární a buněčná biologie a genetika, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU) a Biologické centrum AV ČR (BC)

2009    RNDr. v oboru Experimentální biologie, JU

2009    Mgr. v oboru Experimentální biologie, specializace Genetika a genové inženýrství, JU

2007    Bc. v oboru Biologie

Profesní zkušenosti

od r.  2020    vědecký pracovník na Entomologickém ústavu, BC.

od r. 2019     vědecký asistent na Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR.

2018-2020    vědecký asistent na Entomologickém ústavu, BC.

2016-2017    University of Kansas, Lawrence, USA (c/o James R. Walters, 8 měsíců)

od r. 2014     odborný asistent na Přírodovědecké fakultě JU

2013-2018    postdoktorand na Entomologickém ústavu, BC

2012             University of Liverpool, Liverpool, UK (c/o Ilik Saccheri, 3 měsíce)

2012             University of Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina (c/o María José Bressa, 1 měsíc)

2010             Hokkaido University, Sapporo, Japonsko (c/o Ken Sahara, 1 měsíc)

2008             Hokkaido University, Sapporo, Japonsko (c/o Ken Sahara, 3 měsíce)

Vědecké projekty (hlavní řešitel)

2020–2022    GAČR reg. č. 20-20650Y: Časná evoluce neo-pohlavních chromozomů motýlů

2020–2022    grant podprogramu INTER-ACTION MŠMT (reg. č. LTAUSA19086, co-PI Dr. James R. Walters, University of Kansas): Evoluce neo-pohlavních chromozomů u motýlů tribu Danaini

2017-2019    GAČR reg. č. 17-17211S: Chromozomální přestavby v evoluci motýlů (Lepidoptera)

2016-2017    Fulbrightovo stipendium (grant č. 2016-21-06): Role inverzí a pohlavních chromozomů ve speciaci předivek rodu Yponomeuta 

2014-2016    GAČR reg. č. 14-35819P: Role neo-pohlavních chromozomů v adaptivní radiaci bazálních motýlů skupiny Ditrysia

Články v impaktovaných časopisech
[504 citací, h-index 13 (Scopus; 27. září 2020)]

Ávila Herrera IM, Král J, Pastuchová M, Forman M, Musilová J, Kořínková T, Šťáhlavský F, Zrzavá M, Nguyen P, Just P, Haddad C, Hiřman M, Koubová M, Sadílek D, Huber BA (under revision) Evolutionary pattern of karyotypes, sex chromosomes, nucleolus organizer regions, and meiosis in pholcid spiders (Araneae: Pholcidae): implications for reconstructing karyotype evolution of araneomorph spiders. BMC Evol Biol

Štáhlavský F, Nguyen P, Sadílek D, Štundlová J, Just P, Haddad CR, Koç H, Ranawana KB, Stockmann M, Yağmur EA, Kovařík F (2020) Evolutionary dynamics of rDNA clusters on chromosomes of buthid scorpions (Chelicerata: Arachnida). Biol J Linn Soc. Publikováno on line 22. září 2020.

Sember A, Pappová M, Forman M, Nguyen P, Marec F, Dalíková M, Divišová K, Doležálková-Kaštánková M, Zrzavá M, Sadílek D, Hrubá B, Král J (2020) Patterns of sex chromosome differentiation in spiders: Insights from comparative genomic hybridization. Genes 11: 849

Singh KS, Troczka BJ, Duarte A, Balabanidou V, Trissi N, Carabajal Paladino LZ, Nguyen P, Zimmer CT, Papapostolou KM, Randall E, Lueke B, Marec F, Mazzoni E, Williamson MS, Hayward A, Nauen R, Vontas J, Bass C (2020) The genetic architecture of a host shift: an adaptive walk protected an aphid and its endosymbiont from plant chemical defences. Sci Adv 6: eaba1070

Yen EC, McCarthy SA, Galarza JA, Generalovic T, Pelan S, Nguyen P, Meier JI, Warren I, Mappes J, Durbin R, Jiggins CD (2020) A haplotype-resolved, de novo genome assembly for the wood tiger moth (Arctia plantaginis) through trio binning. GigaScience  9: 1–12

Yoshido A, Šíchová J, Pospíšilová K, Nguyen P, Voleníková A, Šafář J, Provazník J, Vila R, Marec F (2020) Evolution of multiple sex chromosomes associated with dynamic genome reshuffling in Leptidea wood white butterflies. Heredity 125: 138–154

Wan F, Yin C, Tang R, Chen M, Wu Q, Huang C, Qian W, Rota-Stabelli O, Yang N, Wang S, Wang G, Zhang G, Guo J, Gu L, Chen L, Xing L, Xi Y, Liu F, Lin K, Guo M, Liu W, He K, Tian R, Jacquin-Joly E, Franck P, Siegwart M, Ometto L, Anfora G, Blaxter M, Meslin C, Nguyen P, Dalíková M, Marec F, Olivares J, Maugin S, Shen J, Liu J, Guo J, Luo J, Liu B, Fan W, Feng L, Zhao X, Peng X, Wang K, Liu L, Zhan H, Liu W, Shi G, Jiang C, Jin J, Xian X, Lu S, Ye M, Li M, Yang M, Xiong R, Walters JR, Li F (2019) A chromosome-level genome assembly of Cydia pomonella provides insights into chemical ecology and insecticide resistance. Nat Commun 10: 4237

Carabajal Paladino LZ, Provazníková I, Berger M, Bass C, Aratchige NS, López SN, Marec F, Nguyen P (2019) Sex chromosome turnover in moths of the diverse superfamily Gelechioidea. Genome Biol Evol 11: 1307-1319Štundlová J, Šmíd J, Nguyen P, Šťáhlavský F (2019) Cryptic diversity and dynamic chromosome evolution in Alpine scorpions (Euscorpiidae: Euscorpius). Mol Phyl Evol 134: 152-163

Dalíková M, Zrzavá M, Hladová I, Nguyen P, Šonský I, Flegrová M, Kubíčková S, Voleníková A, Kawahara AY, Peters RS, Marec F (2017) New insight into the evolution of W chromosome in Lepidoptera. J Hered  108: 709-719

Mongue AJ, Nguyen P, Voleníková A, Walters JR (2017) A neo-sex chromosome in the Monarch butterfly, Danaus plexippus. G3 (Bethesda) 7: 3281-3294

Sauer AJ, Fritsch E, Undorf-Spahn K, Nguyen P, Marec F, Heckel DG, Jehle JA (2017) Novel resistance to Cydia pomonella granulovirus (CpGV) in codling moth shows autosomal and dominant inheritance and confers cross-resistance to different CpGV genome groups. PLoS One 12: e0179157

Nováková E, Hypša V, Nguyen P, Husník F, Darby AC (2016) Genome sequence of Candidatus Arsenophonus lipopteni, the exclusive symbiont of a blood sucking fly Lipoptena cervi (Diptera: Hippoboscidae). Stand Genomic Sci 11: 72

Svojanovská H, Nguyen P, Hiřman M, Tuf IH, Wahab RA, Haddad CR, Šťáhlavský F (2016) Karyotype evolution in harvestmen of the suborder Cyphophthalmi (Opiliones). Cytogenet Genome Res 148: 227-236

Bombarová M, Špakulová M, Kello M, Nguyen P, Bazsalovicsová E, Kráľová-Hromadová I (2015) Cytogenetics of Aspidogaster limacoides (Trematoda, Aspidogastrea): karyotype, spermatocyte division and genome size. Parasitol Res 114: 1473-1483

Sadílek D*, Nguyen P*, Koç H, Kovařík F, Yağmur EA, Štáhlavský F (2015) Molecular cytogenetics of the Androctonus scorpions: Oasis of calm in turbulent karyotype evolution of the diverse family Buthidae. Biol J Lin Soc 115: 69-76

Šíchová J, Voleníková A, Dincă V, Nguyen P, Vila R, Sahara K, Marec F (2015) Dynamic karyotype evolutionand unique sex determination systems in Leptidea wood white butterflies. BMC Evol Biol 15: 89

Carabajal Paladino LZ*, Nguyen P*, Šíchová J, Marec F (2014) Mapping of single-copy genes by TSA-FISH in the codling moth, Cydia pomonella. BMC Genetics 15(Suppl 2):S15

Šíchová J, Nguyen P, Dalíková M, Marec F (2013) Chromosomal evolution in tortricid moths: conserved karyotypes with diverged features. PLoS One 8: e64520

Forman M, Nguyen P, Hula V, Král J (2013) Sex chromosome pairing and extensive NOR polymorphism in Wadicosa fidelis (Araneae: Lycosidae). Cytogenet Genome Res 141: 43-49

Nguyen P, Sýkorová M, Šíchová J, Kůta V, Dalíková M, Čapková-Frydrychová R, Neven LG, Sahara K, Marec F (2013) Neo-sex chromosomes and adaptive potential in tortricid pests. Proc Natl Acad Sci U S A 110: 6931-6936

Van’t Hof AE, Nguyen P, Dalíková M, Edmonds N, Marec F, Saccheri IJ (2013) A linkage map of the peppered moth (Biston betularia, Geometridae): a model of industrial melanism. Heredity 110: 283-295

Nguyen P, Sahara K, Yoshido A, Marec F (2010) Evolutionary dynamics of rDNA clusters on chromosomes of moths and butterflies (Lepidoptera). Genetica 138: 343–354 

Bombarová M, Marec F, Nguyen P, Špakulová M (2007) Divergent location of ribosomal genes in chromosomes of fish thorny-headed worms, Pomphorhynchus laevis and P. tereticollis (Acanthocephala). Genetica 131: 141–149

Fuková I, Traut W, Vítková M, Nguyen P, Kubíčková S, Marec F (2007) Probing the W chromosome of the codling moth, Cydia pomonella, with sequences from microdissected sex chromatin. Chromosoma 116: 135-145

Fuková I, Nguyen P, Marec F (2005) Codling moth cytogenetics: karyotype, chromosomal location of rDNA, and molecular differentiation of sex chromosomes. Genome 48: 1083–1092

* autoři přispěli rovným dílem

Kapitoly v odborných knihách

Nguyen P, Carabajal Paladino LZ (2016) On the neo-sex chromosomes of Lepidoptera. In: Pontarotti P (Ed) Evolutionary Biology: Convergent Evolution, Evolution of Complex Traits, Concepts and Methods. Springer, Heidelberg. doi: 10.1007/978-3-319-41324-2

Konferenční příspěvky (výběr)

Volenikova A, Nguyen P (2019) Revisited sex chromosome evolution in moths and butterflies (Lepidoptera). Workshop: Paradigm shift in sex chromosome evolution, 20-21 September, Berlin, Germany, p. 25. (oral presentation)

Nguyen P (2019) Sex chromosome evolution in spiders (Araneae). 12th Arthropod Genomics Symposium, 12-14 June, Manhattan, Kansas, USA, p. 12. (oral presentation)

Nguyen P, Kreklová M, Hladová I, Petřvalská K, Vila R, Talavera G (2018) Sex chromosome evolution in lycaenid butterflies (Lycaenidae). The 10th International Workshop on Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, 19. – 25. srpna, Kolympari, Kréta, Řecko, p. 61. (oral presentation)

Nguyen P (2018) Genome instability in blue butterflies (Lycaenidae). 8th International Conference on the Biology of Butterflies, 11. – 14. června, Bangalore, Indie, p. 41–42. (přednáška)

Nguyen P (2017) Cytogenetics of lepidopteran pests of the superfamilies Tortricoidea and Gelechioidea. The Third International Congress on Biological Invasions, 19. - 23. listopadu, Hangzhou, Čína, p. 87 (přednáška)

Nguyen P, Marec F (2017) Sex chromosome analysis in codling moth for better SIT. International Symposium for New Technology in Arthropod, 16. - 18. listopadu, Chongqing, Čína, p. 53 (přednáška)

Nguyen P (2017) Neo-sex chromosomes in Lepidoptera: Rule or exception? Butterflies as Genomic Models in Ecology and Evolution, 27. - 28. července, Penryn, Anglie (přednáška)

Nguyen P (2016) Turnover of sex chromosomes in Lepidoptera. Evolutionary Genomics of Sex, 17. - 19. listopadu, Tempe, Arizona, USA (přednáška)

Nguyen P, Carabajal Paladino LZ, Hladova I, Marec F (2015) Neo-sex chromosomes and their role in radiation of Lepidoptera. In: 19th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles, 15. - 18. září, Marseilles, Francie, p. 29 (přednáška)

Nguyen P, Carabajal Paladino LZ, Marec F (2014) Parallel neo-sex chromosome evolution and radiations of lower ditrysian moths. In: Program and Abstracts, The 9th International Workshop on the Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, 17. -23. srpna, Orthodox Academy of Crete, Kolympari, Kréta, Řecko, p. 11 (přednáška)

Nguyen P, Carabajal Paladino LZ, Sýkorová M, Marec F (2013) Neo-sex chromosomes as a key innovation in radiation of lower ditrysian moths. In: Programme and Abstracts, Advances in Ecological Speciation, 29. - 30. dubna, CIBIO/UP Vairao, Portugalsko, p. 23 (přednáška)

Zvané přednášky

Nguyen P (2017) Evolution of sex chromosomes in Lepidoptera. College of Plant Protection, Northwest A&F University, Yangling, Čína

Nguyen P (2015) Role of neo-sex chromosomes in ecological adaptation and radiation of lower Lepidoptera. Institute for Biological Control, Julius Kühn Institute, Darmstadt, Německo

Nguyen P (2015) Codling moth sex chromosomes in relation to pest management. International Codling Moth Genome Sequencing Symposium, 18.-19. listopadu, Institute of Plant Protection of the Chinese Academy of Agricultural Sciences, Peking, Čína

Relevantní školení a kurzy

5 ^th Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis in Plants, 24. - 26. května 2016, České Budějovice, Česká republika

Workshop on Population and Speciation Genomics, 24. ledna – 6. února 2016, Český Krumlov, Česká republika

Workshop on Advances in Bioinformatics and Genomics, 24. - 30. září 2012, České Budějovice, Česká republika

Výuka a vedení kvalifikačních prací

od r. 2015     KMB/221 Evoluční genetika živočichů, Přírodovědecká fakulta JU

2014-2015    KGN/244 Základy genového inženýrství, Přírodovědecká fakulta JU

od r. 2012     3 bakalářské a 6 diplomové práce obhájené, 3 diplomové a 3 dizertační práce běžící