RNDr. Petr Nguyen, Ph.D.
vedoucí Laboratoře srovnávací cytogenetiky a genomiky
Přírodovědecká fakulta JU
Branišovská 31, 37005 České Budějovice
budova B, přízemí, číslo dveří 183
Email: petr.nguyen@prf.jcu.cz
Tel. +420 387 772 277
Životopis
ResearcherID: G-5826-2010
narozen: 17. března 1984 v Čáslavi
Vzdělání
2013 Ph.D. "cum laude" v oboru Molekulární a buněčná biologie a genetika, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU) a Biologické centrum AV ČR (BC)
2009 RNDr. v oboru Experimentální biologie, JU
2009 Mgr. v oboru Experimentální biologie, specializace Genetika a genové inženýrství, JU
2007 Bc. v oboru Biologie
Profesní zkušenosti
od 2019 vědecký asistent na Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR.
od 2018 vědecký asistent na Entomologickém ústavu, BC.
2016-2017 University of Kansas, Lawrence, USA (c/o James R. Walters, 8 měsíců)
od r. 2014 odborný asistent na Přírodovědecké fakultě JU
od r. 2013 postdoktorand na Entomologickém ústavu, BC
2012 University of Liverpool, Liverpool, UK (c/o Ilik Saccheri, 3 měsíce)
2012 University of Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina (c/o María José Bressa, 1 měsíc)
2010 Hokkaido University, Sapporo, Japonsko (c/o Ken Sahara, 1 měsíc)
2008 Hokkaido University, Sapporo, Japonsko (c/o Ken Sahara, 3 měsíce)
Vědecké projekty (hlavní řešitel)
2020–2022 GAČR reg. č. 20-20650Y: Časná evoluce neo-pohlavních chromozomů motýlů
2020–2022 grant podprogramu INTER-ACTION MŠMT (reg. č. LTAUSA19086, co-PI Dr. James R. Walters, University of Kansas): Evoluce neo-pohlavních chromozomů u motýlů tribu Danaini
2017-2019 GAČR reg. č. 17-17211S: Chromozomální přestavby v evoluci motýlů (Lepidoptera)
2016-2017 Fulbrightovo stipendium (grant č. 2016-21-06): Role inverzí a pohlavních chromozomů ve speciaci předivek rodu Yponomeuta
2014-2016 GAČR reg. č. 14-35819P: Role neo-pohlavních chromozomů v adaptivní radiaci bazálních motýlů skupiny Ditrysia
Články v impaktovaných časopisech
[401 citací, h-index 10 (Scopus; 17. září 2019)]
Wan F, Yin C, Tang R, Chen M, Wu Q, Huang C, Qian W, Rota-Stabelli O, Yang N, Wang S, Wang G, Zhang G, Guo J, Gu L, Chen L, Xing L, Xi Y, Liu F, Lin K, Guo M, Liu W, He K, Tian R, Jacquin-Joly E, Franck P, Siegwart M, Ometto L, Anfora G, Blaxter M, Meslin C, Nguyen P, Dalíková M, Marec F, Olivares J, Maugin S, Shen J, Liu J, Guo J, Luo J, Liu B, Fan W, Feng L, Zhao X, Peng X, Wang K, Liu L, Zhan H, Liu W, Shi G, Jiang C, Jin J, Xian X, Lu S, Ye M, Li M, Yang M, Xiong R, Walters JR, Li F (2019) A chromosome-level genome assembly of Cydia pomonella provides insights into chemical ecology and insecticide resistance. Nat Commun 10: 4237
Carabajal Paladino LZ, Provazníková I, Berger M, Bass C, Aratchige NS, López SN, Marec F, Nguyen P (2019) Sex chromosome turnover in moths of the diverse superfamily Gelechioidea. Genome Biol Evol 11: 1307-1319
Štundlová J, Šmíd J, Nguyen P, Šťáhlavský F (2019) Cryptic diversity and dynamic chromosome evolution in Alpine scorpions (Euscorpiidae: Euscorpius). Mol Phyl Evol 134: 152-163
Dalíková M, Zrzavá M, Hladová I, Nguyen P, Šonský I, Flegrová M, Kubíčková S, Voleníková A, Kawahara AY, Peters RS, Marec F (2017) New insight into the evolution of W chromosome in Lepidoptera. J Hered 108: 709-719
Mongue AJ, Nguyen P, Voleníková A, Walters JR (2017) A neo-sex chromosome in the Monarch butterfly, Danaus plexippus. G3 (Bethesda) 7: 3281-3294
Sauer AJ, Fritsch E, Undorf-Spahn K, Nguyen P, Marec F, Heckel DG, Jehle JA (2017) Novel resistance to Cydia pomonella granulovirus (CpGV) in codling moth shows autosomal and dominant inheritance and confers cross-resistance to different CpGV genome groups. PLoS One 12: e0179157
Nováková E, Hypša V, Nguyen P, Husník F, Darby AC (2016) Genome sequence of Candidatus Arsenophonus lipopteni, the exclusive symbiont of a blood sucking fly Lipoptena cervi (Diptera: Hippoboscidae). Stand Genomic Sci 11: 72
Svojanovská H, Nguyen P, Hiřman M, Tuf IH, Wahab RA, Haddad CR, Šťáhlavský F (2016) Karyotype evolution in harvestmen of the suborder Cyphophthalmi (Opiliones). Cytogenet Genome Res 148: 227-236
Bombarová M, Špakulová M, Kello M, Nguyen P, Bazsalovicsová E, Kráľová-Hromadová I (2015) Cytogenetics of Aspidogaster limacoides (Trematoda, Aspidogastrea): karyotype, spermatocyte division and genome size. Parasitol Res 114: 1473-1483
Sadílek D*, Nguyen P*, Koç H, Kovařík F, Yağmur EA, Štáhlavský F (2015) Molecular cytogenetics of the Androctonus scorpions: Oasis of calm in turbulent karyotype evolution of the diverse family Buthidae. Biol J Lin Soc 115: 69-76
Šíchová J, Voleníková A, Dincă V, Nguyen P, Vila R, Sahara K, Marec F (2015) Dynamic karyotype evolutionand unique sex determination systems in Leptidea wood white butterflies. BMC Evol Biol 15: 89
Carabajal Paladino LZ*, Nguyen P*, Šíchová J, Marec F (2014) Mapping of single-copy genes by TSA-FISH in the codling moth, Cydia pomonella. BMC Genetics 15(Suppl 2):S15
Šíchová J, Nguyen P, Dalíková M, Marec F (2013) Chromosomal evolution in tortricid moths: conserved karyotypes with diverged features. PLoS One 8: e64520
Forman M, Nguyen P, Hula V, Král J (2013) Sex chromosome pairing and extensive NOR polymorphism in Wadicosa fidelis (Araneae: Lycosidae). Cytogenet Genome Res 141: 43-49
Nguyen P, Sýkorová M, Šíchová J, Kůta V, Dalíková M, Čapková-Frydrychová R, Neven LG, Sahara K, Marec F (2013) Neo-sex chromosomes and adaptive potential in tortricid pests. Proc Natl Acad Sci U S A 110: 6931-6936
Van’t Hof AE, Nguyen P, Dalíková M, Edmonds N, Marec F, Saccheri IJ (2013) A linkage map of the peppered moth (Biston betularia, Geometridae): a model of industrial melanism. Heredity 110: 283-295
Nguyen P, Sahara K, Yoshido A, Marec F (2010) Evolutionary dynamics of rDNA clusters on chromosomes of moths and butterflies (Lepidoptera). Genetica 138: 343–354
Bombarová M, Marec F, Nguyen P, Špakulová M (2007) Divergent location of ribosomal genes in chromosomes of fish thorny-headed worms, Pomphorhynchus laevis and P. tereticollis (Acanthocephala). Genetica 131: 141–149
Fuková I, Traut W, Vítková M, Nguyen P, Kubíčková S, Marec F (2007) Probing the W chromosome of the codling moth, Cydia pomonella, with sequences from microdissected sex chromatin. Chromosoma 116: 135-145
Fuková I, Nguyen P, Marec F (2005) Codling moth cytogenetics: karyotype, chromosomal location of rDNA, and molecular differentiation of sex chromosomes. Genome 48: 1083–1092
* autoři přispěli rovným dílem
Kapitoly v odborných knihách
Nguyen P, Carabajal Paladino LZ (2016) On the neo-sex chromosomes of Lepidoptera. In: Pontarotti P (Ed) Evolutionary Biology: Convergent Evolution, Evolution of Complex Traits, Concepts and Methods. Springer, Heidelberg. doi: 10.1007/978-3-319-41324-2
Konferenční příspěvky (výběr)
Volenikova A, Nguyen P (2019) Revisited sex chromosome evolution in moths and butterflies (Lepidoptera). Workshop: Paradigm shift in sex chromosome evolution, 20-21 September, Berlin, Germany, p. 25. (oral presentation)
Nguyen P (2019) Sex chromosome evolution in spiders (Araneae). 12th Arthropod Genomics Symposium, 12-14 June, Manhattan, Kansas, USA, p. 12. (oral presentation)
Nguyen P, Kreklová M, Hladová I, Petřvalská K, Vila R, Talavera G (2018) Sex chromosome evolution in lycaenid butterflies (Lycaenidae). The 10th International Workshop on Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, 19. – 25. srpna, Kolympari, Kréta, Řecko, p. 61. (oral presentation)
Nguyen P (2018) Genome instability in blue butterflies (Lycaenidae). 8th International Conference on the Biology of Butterflies, 11. – 14. června, Bangalore, Indie, p. 41–42. (přednáška)
Nguyen P (2017) Cytogenetics of lepidopteran pests of the superfamilies Tortricoidea and Gelechioidea. The Third International Congress on Biological Invasions, 19. - 23. listopadu, Hangzhou, Čína, p. 87 (přednáška)
Nguyen P, Marec F (2017) Sex chromosome analysis in codling moth for better SIT. International Symposium for New Technology in Arthropod, 16. - 18. listopadu, Chongqing, Čína, p. 53 (přednáška)
Nguyen P (2017) Neo-sex chromosomes in Lepidoptera: Rule or exception? Butterflies as Genomic Models in Ecology and Evolution, 27. - 28. července, Penryn, Anglie (přednáška)
Nguyen P (2016) Turnover of sex chromosomes in Lepidoptera. Evolutionary Genomics of Sex, 17. - 19. listopadu, Tempe, Arizona, USA (přednáška)
Nguyen P, Carabajal Paladino LZ, Hladova I, Marec F (2015) Neo-sex chromosomes and their role in radiation of Lepidoptera. In: 19th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles, 15. - 18. září, Marseilles, Francie, p. 29 (přednáška)
Nguyen P, Carabajal Paladino LZ, Marec F (2014) Parallel neo-sex chromosome evolution and radiations of lower ditrysian moths. In: Program and Abstracts, The 9th International Workshop on the Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, 17. -23. srpna, Orthodox Academy of Crete, Kolympari, Kréta, Řecko, p. 11 (přednáška)
Nguyen P, Carabajal Paladino LZ, Sýkorová M, Marec F (2013) Neo-sex chromosomes as a key innovation in radiation of lower ditrysian moths. In: Programme and Abstracts, Advances in Ecological Speciation, 29. - 30. dubna, CIBIO/UP Vairao, Portugalsko, p. 23 (přednáška)
Zvané přednášky
Nguyen P (2017) Evolution of sex chromosomes in Lepidoptera. College of Plant Protection, Northwest A&F University, Yangling, Čína
Nguyen P (2015) Role of neo-sex chromosomes in ecological adaptation and radiation of lower Lepidoptera. Institute for Biological Control, Julius Kühn Institute, Darmstadt, Německo
Nguyen P (2015) Codling moth sex chromosomes in relation to pest management. International Codling Moth Genome Sequencing Symposium, 18.-19. listopadu, Institute of Plant Protection of the Chinese Academy of Agricultural Sciences, Peking, Čína
Relevantní školení a kurzy
5 th Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis in Plants, 24. - 26. května 2016, České Budějovice, Česká republika
Workshop on Population and Speciation Genomics, 24. ledna – 6. února 2016, Český Krumlov, Česká republika
Workshop on Advances in Bioinformatics and Genomics, 24. - 30. září 2012, České Budějovice, Česká republika
Výuka a vedení kvalifikačních prací
od r. 2015 KMB/221 Evoluční genetika živočichů, Přírodovědecká fakulta JU
2014-2015 KGN/244 Základy genového inženýrství, Přírodovědecká fakulta JU
od r. 2012 3 bakalářské a 4 diplomové práce obhájené, 2 diplomové a 1 dizertační práce běžící