Nabídka magisterských projektů 2020


Mgr. Ondřej Gahura, Ph.D. gahura@paru.cas.cz

Unikátní vlastnosti mitoribosomů u trypanosom

KMBG #BIO #laboratoř #neučiteské 
#molekulárníbiologie #parazitologie #buněčnábiologie

Ribosomy jsou molekulární mašinerie nezbytné pro všechny formy života. V mitochondriích původce spavé nemoci, Trypanosoma brucei, se však ribosomy výrazně odlišují od všech ostatních forem. V naší skupině využíváme široké spektrum buněčných a biochemických (genetické modifikace trypanosom, proteinové purifikace a analýzý proteinových komplexů, sledování translace v mitochondrií za použití radioaktivního značení,…) metod k objasnění unikátních strukturních vlastností trypanosomálních mitoribosomů a jejich prekurzorů.


RNDr. Alena Panicucci Zíková, Ph.D. azikova@paru.cas.cz 

How the structure of a membrane-bound enzyme shapes its environment for optimal performance  

#KMBG #BIO #laboratoř #neučiteské 
#molekulárníbiologie #parazitologie #buněčnábiologie 

Trypanosoma brucei is a unicellular parasite with a single mitochondrion that undergoes drastic structural and metabolic changes during its life cycle. Using this excellent model organism, we examine how unique attributes of the ATP synthase structure and composition contribute to mitochondrial bioenergetics and cristae ultrastructure. This project will employ a wide range of methodologies that include the topics of enzymology, physiology, microscopy and multiprotein complex assembly. 

Lab link: https://www.paru.cas.cz/en/sections/molecular-parasitology/laboratory-of-functional-biology-of-protists/ 

 

doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.        stefka@paru.cas.cz 

Imunogentická diverzita ryb a parazitace tasemnicí Ligula intestinalis 
#KMBG #BIO #laboratoř #terén #neučitelské 
#molekulárníbiologie #parazitologie #bioinformatika 

Pomocí amplikonového sekvenování bude prostudována diverzita několika imunitních genů (lokusy MHC a TLR) u populací tří druhů kaprovitých ryb s ohledem na míru jejich parazitace tasemnicemi. Student(ka) provede extrakci DNA, navržení a testování multiplex primerů pro amplikonovou PCR. Po sekvenaci na platformě Illumina (provedené v komerční laboratoři) student(ka) vyhodnotí data (bioinformatická analýza pomocí skriptů a v programu R). Bude možnost se zapojit i do terénních odběrů. 

 

  

Josef Lazar, Ph.D.          lazar@nh.cas.cz 

Studies of spatiotemporal dynamics of G protein signalling using advanced imaging techniques 
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #buněčnábiologie #evoluce  

The G protein signaling cascade is a major signaling pathway responsible for cellular communication with the external environment. It is present in all eukaryotic living systems from yeast to humans. G proteins transduce signals from a variety of physical and chemical stimuli including light, physical force, hormones and neurotransmitters. Up to 50% of all modern prescription drugs target this signaling cascade. However, spatial distribution of the G protein cascade components in the cellular compartments and temporal dynamics of signaling remain insufficiently understood. During this project we intend to gain insights into the fate of signaling molecules in the plasma membrane and intracellular compartments and link these findings to the newly found non-conventional “second wave” of intracellular signaling. To achieve our goals, we will use to use advanced imaging techniques, including single-molecule imaging and polarization microscopy, combined with extensive usage of molecular biology and live cell manipulation methods as well as imaging data processing. The student will have a chance to work on a cutting-edge multidisciplinary project and be a part of a highly motivated international team.    

  

 

RNDr. Zdeněk Paris, PhD.        parda@paru.cas.cz 

Studium tRNA modifikací u parazitických prvoků Trypanosoma brucei a Leishmania mexicana 
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #parazitologie #buněčnábiologie 

Hledáme motivované studentky a studenty, budoucího kolegu do Laboratoře RNA biologie prvoků na Parazitologickém ústavu, BC AV ČR. Nabízíme široké spektrum výzkumných témat, týkajících se především modifikací transferových RNA (tRNA) a jejich fyziologický význam pro parazitické prvoky. Konkrétní témata práce vyplývají z aktuální fáze našeho výzkumu v jednotlivých, námi řešených projektech a z dohody mezi školitelem a studentem. Vše potřebné rádi naučíme, ale samozřejmě nějaká zkušenost v laboratoři je vždy výhodou. Naše laboratoř je nově a moderně vybavena s možností využívat přístroje a služby dalších pracovišť ústavů Biologického centra AVČR. Používáme moderní metody molekulární a buněčné biologie a biochemie včetně metod mikroskopických. Předpokládáme, že úspěšný uchazeč bude mít částečný úvazek hrazený z grantových prostředků. V rámci magisterské práce se student naučí používat základní metody molekulární biologie a biochemie (PCR, klonování, DNA a RNA izolace, tkáňové kultury) a dále i některé pokročilejší metody (fluorescenční mikroskopie, qPCR, purifikace proteinů, příprava radioakivně značených sond pro detekci DNA/RNA, příprava knihoven pro RNAseq atd.) 

 

doc. Ing. Roman Sobotka, Ph.D.          sobotka@alga.cz 

Expression of plant-like light harvesting antennae in cyanobacteria 
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #genetika #biochemie 

Oxygenic photosynthesis uses the energy of sunlight to generate the oxygen we breathe and the food we eat, but the vast majority of the received solar energy is not converted to biomass.  Enhancing photosynthesis is however a compellingly important challenge that has not been taken up yet, because it requires the modification and exchange of large ensembles of interacting photosynthesis components. This MSc project will be a part of a large international ERC project focused on the creation a a novel enhanced variant of photosynthesis in the model cyanobacterium Synechocystis 6803.  
Specifically, student will generate a Synechocystis strain expressing light-harvesting antenna from several different algae and also using a synthetic (non-natural) genes. Such artificial antennae should extent light wavelength powering Photosystem II complexes, which will be tested experimentally. From the methodological point of view this project will cover a broad spectrum of methods: genetics (cloning, transformation, mRNA quantification); biochemistry: immunodetection, purification of protein complexes, 2D gels, chromatography - FPLC, HPLC; confocal microscopy, physiology of cyanobacteria, photosynthesis. 
link:  https://www.cysnews.cz/ostatni/vedec-z-akademie-ved-ziskal-grant-ve-vysi-2-500-000-eur-na-lepsi-vyuziti-slunecni-energie/ 

 

Lenka Gahurová, Ph.D.       lveselovska@prf.jcu.cz 

Epigenetické modifikátory rýpoša lysého 
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #bioinformatika buněčnábiologie  

Rýpoš lysý je hlodavec s mnoho zaujímavými vlastnosťami, vrátane extrémnej dlhovekosti vzhľadom na jeho veľkosť a schopnosti reprodukcie do konca života, sociálneho systému kde sa v skupine rozmnožuje len dominantný pár, odolnosti voči rakovine a zdanlivej rezistencii voči integrácii retrotranspozónov do genómu. Zaujíma nás, či sú tieto zmeny výsledkom rozdielnych epigenetických procesov u rýpoša  v porovnaní s blízko príbuzným morčaťom, a tiež myšou a človekom. Tento projekt bude v prvej časti primárne zameraný na prácu s databázami (sekvencie genómu, génov a proteínov, a tiež štruktúry proteínov) a bioinformatické analýzy s cieľom identifikovať rozdiely v proteínoch zodpovedných za DNA metyláciu a histónové modifikácie u rýpoša voči morčaťu, myši a človeku, ktoré môžu potenciálne viesť k zmenám funkcie týchto proteínov. Ďalším krokom bude bionformatická identifikácia nových epigenetických modifikátorov z genómovej sekvencie u rýpoša, ktoré nie sú prítomné u myši. Zaujímavé výsledky budú overené v laboratóriu s pomocou techník molekulárnej biológie ako extrakcia DNA, extrakcia RNA, reverzná transkripcia, PCR, gelová elektroforéza a Sangerovo sekvenovanie, prípadne aj chromatínová imunoprecipitácia, imunofluorescencia, bisulfitové sekvenovanie atď. Záujemca či záujemkyňa by mali byť precízni, mať záujem o bioinformatiku a prácu s databázami a nebáť zo začiatku trochu monotónnej práce. 

 

RNDr. Radmila Čapková Frydrychová, PhD.        Radmila.Frydrychova@seznam.cz 

Role oxidačního stresu v procesu stárnutí  
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #fyziologieživočichů #biochemie 

Na modelu sociálního hmyzu (včely, termiti, čmeláci) studujeme mechanismy, které se podílí na procesu stárnutí organismu, jako je vliv endokrinní regulace, vliv telomerázy, či působení oxidačního stresu a aktivita antioxidačních mechanismů. Nabízené projekty se zabývají studiem oxidačního stresu. Oxidační stres je založen na nadměrné produkci volných kyslíkových radikálů,  které napadají a destruují buněčné a tkáňové komponenty a v organismu tak způsobují často nevratná poškození. Oxidační stres stárnutí organismu urychluje a existuje hypotéza, že jedinci s dobře vyvinutými antioxidačními mechanismy se obecně dožívají vyššího věku. Oxidační stres je také zvyšován s reprodukcí organismu (= procesem rozmnožování). Reprodukce je z obecného hlediska chápána jako něco, co organismu zkracuje život, takže platí, že čím více potomků, tím kratší život. Ačkoliv tento jev není plně vysvětlen, spekuluje se, že z jedním faktorů je zvýšený oxidační stres, který reprodukci provází. Jednou z výjimek je sociální hmyz, kde jedinci reprodukčních kast (králové a královny) se dožívají naopak mnohem delšího věku než jedinci nereprodukční (dělníci, dělnice, vojáci). V nabízených projektech bude studována hladina oxidačního stresu u včel s ohledem na jejich dlouhověkou (zimní) a krátkověkou (letní) generaci a u termitů s ohledem na jejich reprodukci. Projekt bude založen na sérii biochemických, fyziologických a molekulárně biologických technikách. 

 

Mgr. Aleš Horák. Ph.D.      ogar@paru.cas.cz  

1. Molekulární mechanismy predace u prvoků  
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #buněčnábiologie #bioinformatika 

Metodika: kultivace prvoků a bakterií, mikroskopie, FISH, izolace DNA/RNA. PCR, analýza RNASeq dat, diferenciální exprese, jednoduchá biostatistika 

 

2. Evoluce endosymbiózy u diplonem  
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #evoluce #bioinformatika 

Metodika: kultivace prvoků, izolace DNA/RNA, analýza genomových a RNASeq dat, fylogenetické analýzy 

 

RNDr. Ondřej Hajdušek, Ph.D.      hajdus@paru.cas.cz 

Fyziologické aspekty sající nymfy klíštěte Ixodes ricinus 
#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #parazitologie #buněčnábiologie 

Metody: charakterizace vybraných genů pomocí qRT-PCR, RNA interference, exprese rekombinantních proteinů (E. coli), Western blot, vakcinace, práce se zvířaty. 

 

prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.          jula@paru.cas.cz 

#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #parazitologie #buněčnábiologie 

The successful applicant will study various aspects of cell and molecular biology of trypanosomes and related parasites. S/he will learn a spectrum of molecular methods in a highly international laboratory

prof. RNDr. Michal Žurovec, CSc.       zurovec@entu.cas.cz 

#KMBG #BIO #laboratoř #neučitelské 
#molekulárníbiologie #genetika #biochemie 

Drozofila jako model pro studium neurodegenerace a stárnutí (výzkum Huntingtonovy chorey a amyotrofické laterální sklerózy pomocí genetických metod)  

Účinky extracelulárního adenozinu na drozofilí a lidské buňky in vitro (srovnání stresových reakcí buněk tkáňových kultur pomocí biochemických metod)  

Analýza struktury hedvábí pomocí next-gen sekvenování cDNA knihoven, proteomiky, qPCR a in situ hybridizace (evoluce hedvábí u motýlů, chrostíků a primitivních dipter)  

Funkce růstových faktorů IDGF u D. melanogaster (regulece růstu buněk, srážení hemolymfy a genové interakce)