ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data

01.01.2020

Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
01/01/2020 – 31/12/2022
MŠMT, Výzkumné infrastruktury


ELIXIR-CZ (LM2018131)
Název CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
Název EN: Czech National Infrastructure for Biological Data
Koordinátor: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., CESNET, zájmové sdružení právnických osob, České vysoké učení technické v Praze, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Západočeská univerzita v Plzni
Řešitel: Vohnout Rudolf, Katedra informatiky
Realizace: 01/01/2020 – 31/12/2022
Rozpočet: 146 845 000 Kč (projekt) / 6 283 000 Kč (PřF)
Poskytovatel: MŠMT
Program: Výzkumné infrastruktury

www.elixir-czech.cz

Abstrakt

Elixír CZ je velká významná infrastruktura v oblasti věd o živé přírodě zaměřená na biologická data, jejich zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu. Český uzel ELIXIR reprezentovaný ÚOCHB AV ČR jako národní uzel pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, vyhrazené datové sbírky a jedinečné nástroje poskytované komunitě pro vědu o živé přírodě. Uzel je vytvořen a provozován jako distribuovaná infrastruktura, která v současné době zahrnuje čtrnáct organizací. Partnerské instituce poskytují českým vědcům a mezinárodní vědecké komunitě nástroje a databáze v režimu otevřeného přístupu. Jedním z partnerů je i Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích.

Cíle

  • Poskytování služeb s nimi souvisejících nástrojů a databáze, a to na excelentní úrovni se zaměřením na bioinformatickou a Life Science uživatelskou komunitu v ČR a Evropě včetně podpory těchto nástrojů.
  • Zaměření se na nové disciplíny věd o živé přírodě generující data a nově vznikajících uživatelských komunit.
  • Poskytování řešení pro unifikovaný přístup k datům dodržováním a aplikací FAIR principů.
  • Aplikace principů pro unifikovanou správu dat a zajištění nástrojů pro generování Data managementu plánu na úrovni jak národní, tak evropské.
  • Propojení dat a nástrojů.
  • Tvorba nástrojů datové strategie a její aplikace v heterogenním národním prostředí.
  • Nedílnou součástí Node je specializované výpočetní a úložné prostředí spravované významnými národními akademickými poskytovateli cloud / grid a odrážející skutečné potřeby České republiky v Evropském měřítku a na úrovni ELIXIR Hub.
  • Důležitým rysem navrhovaného uzlu ELIXIR je těsné propojení a spolupráce s infrastrukturními projekty ESFRI v České republice – zejména INSTRUCT, EATRIS, BBMRI, EuroBioimaging a EU-OPENSCREEN a další.

Výstupy

Spojení mezi národními a celoevropskými výzkumnými strukturami ve třech silných oblastech:
1) Nejpokročilejší a nejrozvinutější oblast patří do oblasti strukturní bioinformatiky se zaměřením především na služby a vývoj konkrétních nástrojů. Strukturální oblast bioinformatiky je velmi úzce spojena s českými partnery pro IT infrastrukturu výzkumu - konkrétně CESNET a CERIT SC, které poskytují nejen výpočetní a úložnou kapacitu, ale také know-how v oblasti sítí a využívání heterogenních zdrojů.
2) Druhou největší oblast představují kurátorované databáze ve dvou hlavních oblastech - specifické sbírky genomových údajů o mikroorganismech a rostlinách a databáze cheminformatiky, které slouží také jako propojovací prvek mezi dalšími projekty biomedicínské infrastruktury, jako jsou EU-OPENSCREEN a EATRIS.
3) V neposlední řadě jsou IT specializovaná řešení pro infrastrukturu ELIXIR vyvíjena IT partnery a jejich zapojení do dalších projektů ELIXIR CZ představuje společnou platformu pro sjednocení a efektivitu celého procesu. Uzel slouží také jako koordinační platforma národních bioinformatických aktivit a je zodpovědný za jednotnost dat, aplikaci standardů ELIXIR a za celosvětovou přístupnost v celém výzkumném prostoru v České republice.