Nabídka témat

Školitel: doc. RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Klíštěcí sliny obsahují desítky až stovky nejrůznějších proteinů, z nichž většina zastává nějakou funkci při obcházení hostitelských obranných mechanizmů. Některé skupiny byly už velmi podrobně popsány, včetně experimentálního ověření jejich aktivit v hostitelském systému. Některé skupiny mají již známé proteinové struktury a některé jsou unikátní pro klíšťata a není známa jejich funkce ani struktura. Cílem experimentální bakalářské práce bude podrobná analýza vybrané proteinové skupiny pomocí in silico metod, ověření expresního profilu v klíštěti pomocí qRT-PCR, amplifikace vybraného genu pomocí PCR, jeho zaklonování a osekvenování. Možnost přípravy rekombinantního proteinu. Součástí práce bude vypracování rešerše týkající se proteinů z klíštěcích slin a vybrané proteinové rodiny.

Co se student naučí: Bioinformatické metody (data mining, manipulace s nukleotidovými i proteinovými sekvencemi, základní fylogenetická analýza, 3D modelování proteinů, izolace RNA a DNA, PCR, kvantitativní RT-PCR, molekulární klonování

Diverzita viru klíšťové encefalitidy v přirozených ohniscích na jihu Čech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virus cirkuluje v přírodě mezi svými přirozenými hostiteli (zejména hlodavci) a  vektory - klíšťaty. Jednotlivé kmeny viru klíšťové encefalitidy se mohou významně lišit celou řadou vlastností, včetně patogenity pro člověka. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu viru klíšťové encefalitidy v jeho přirozených ohniscích výskytu, stanovit jejich biologické vlastnosti  a porovnat je s kmeny vyskytujícími se u pacientů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení práce seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování včetně NGS apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Klíšťata a klíšťaty přenášené patogeny v urbánních biotopech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Klíšťata jsou vektory celé řady významných patogenů člověka a zvířat. Jejich výskyt není omezen jen na lesní biotopy, ale stabilní populace klíšťat můžeme najít i ve městech. Spolu s klíšťaty se do tohoto prostředí dostávají i patogeny. Vzhledem k vysoké míře aktivity člověka tyto oblasti představují potenciálně vysoké riziko pro veřejné zdraví. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu bakteriálních a virových patogenů v klíšťatech vyskytujících se v urbánních biotopech. Dále pak stanovení složení hostitelské fauny klíšťat na základě molekulárně biologické detekce hostitelské DNA ve zbytcích strávené krve a korelace druhu hostitele s výskytem patogenů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení tématu seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Kombinovaná aplikace genetické a psychologické selekce vhodných dobrovolníků pro studium abnormálně vysokého obsazení dopaminových D2 receptorů metodou pozitronové emisní tomografie

Typ práce: bakalářská nebo magisterská

Školitel: Mgr. Dagmar Riegert Bystřická, Ph.D. , Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

Dopamin funguje v mozku jako neurotransmiter, který společně s dalšími hormony významně reguluje fyziologické a behaviorální funkce jako jsou motorické funkce, kognitivní funkce, přičemž se zcela zásadně podílí na tvorbě motivačního systému a touze po odměně. 

Dědičná tendence směřující k časté průzkumné činnosti a intenzivnímu vzrušení v reakci na nové podněty se označuje jako chování typu novelty seeking (NS). Novelty seeking je zařazeno v inventáři povahových vlastností, tzv. Temperament and Character Inventory-Revised (TCI-R), a skládá se ze čtyř podskupin (průzkumné vrušení, impulzivnost, extravagance, neuspořádanost). Dotazník TCI-R je globálně používaný a uznávaný v psychologickém a neurobiologickém výzkumu. Jedinci, kteří mají vysoké skóre novelty seeking, jsou temepramentní, průzkumní, zvědaví, impulzivní, roztržití a snadno podlehnou nudě. Rychle se zapojí do čehokoli, co je nové a neznámé – což může vést k potenciální odměně – ať už jsou to adrenalinové sporty či návykové látky. Vysoké skóre NS je spojováno s nedostatečnou aktivitou dopaminu. 

Ovšem vliv na produkci dopaminu má také genetika. Gen DRD2, kódující dopaminový receptor D2, je intenzivně studován v souvislosti s několika SNP. Mezi ně se řadí např. polymorfismy TaqIA a –141C Ins/Del. Polymorfismus TaqIA, respektive jeho recesivní alela A1, koreluje s o 30 % menší počtem exprimovaných D2 receptorů; alela –141C Del polymorfismu -141C Ins/Del je spojována se sníženou expresí genu DRD2. Funkci dopaminu ovlivňuje i gen COMT (katechol-O-metyltransferáza). Polymorfismus v genu COMT Val158Met zodpovídá za degradaci dopaminu, snižuje funkci tohoto enzymu až o 40 %. Zmíněné polymorfismy ovlivňující funkci dopaminu a/nebo expresi příslušných receptorů, korelují  s lidským chováním. Z tohoto důvodu je zkoumán vztah mezi novelty seeking behavior a dopaminergním systémem.

Co se student naučí: naváže na diplomovou práci Mgr. Lindy Jandové z roku 2019, seznámí se s prací v klinické genetické laboratoři, prakticky zvládne metody izolace DNA, PCR, ELFO, PCR RFLP, real-time PCR, analýza a zpracování výsledků.

Školitel: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

Měření aktivity transkripčních faktorů je způsobem, jak zjistit na úrovni buněčné signalizace mechanismus účinku různých testovaných látek. Transkripční faktory NF-kB, STAT1, CREB a NFAT jsou aktivovány v imunitních buňkách různými signálními dráhami. Jejich aktivitu je možné měřit pomocí tzv. duální luciferázové reportérové eseje, která je založena na měření dvou luciferázových aktivit s využitím dvou plazmidů, reportérového a referenčního. Použití stabilních reportérových buněčných linií představuje zajímavou alternativu k metodě western blotting, která se standardně k analýze signálních drah používá.  

Metodicky projekt zahrnuje práci s buněčnými liniemi, metodu transfekce buněk s vybranými plazmidy a ověření funkčnosti získaných buněčných klonů měřením luciferázové aktivity. 

Charakterizace a optimalizace metod použitelných pro inaktivaci viru klíšťové encefalitidy

Školitel: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

Školitel specialista: Mgr. Zuzana Beránková, Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Náplní diplomové práce bude otestovat různé způsoby, jenž se používají k inaktivaci virů, s cílem definovat nejvhodnější metody inaktivace pro virus klíšťové encefalitidy. Úspěšnost inaktivace bude posuzována na základě vlivu na virový genom, virové proteiny a na celkovou funkčnost virových částic. Metodicky práce zahrnuje práci s buněčnými kulturami, základní metody používané ve virologii (plaková titrace), molekulární biologii (izolace virové RNA, RT-qPCR, RT-PCR) a imunologii (western blot).

Diverzita viru klíšťové encefalitidy v přirozených ohniscích na jihu Čech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virus cirkuluje v přírodě mezi svými přirozenými hostiteli (zejména hlodavci) a  vektory - klíšťaty. Jednotlivé kmeny viru klíšťové encefalitidy se mohou významně lišit celou řadou vlastností, včetně patogenity pro člověka. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu viru klíšťové encefalitidy v jeho přirozených ohniscích výskytu, stanovit jejich biologické vlastnosti  a porovnat je s kmeny vyskytujícími se u pacientů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení práce seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování včetně NGS apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Klíšťata a klíšťaty přenášené patogeny v urbánních biotopech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Klíšťata jsou vektory celé řady významných patogenů člověka a zvířat. Jejich výskyt není omezen jen na lesní biotopy, ale stabilní populace klíšťat můžeme najít i ve městech. Spolu s klíšťaty se do tohoto prostředí dostávají i patogeny. Vzhledem k vysoké míře aktivity člověka tyto oblasti představují potenciálně vysoké riziko pro veřejné zdraví. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu bakteriálních a virových patogenů v klíšťatech vyskytujících se v urbánních biotopech. Dále pak stanovení složení hostitelské fauny klíšťat na základě molekulárně biologické detekce hostitelské DNA ve zbytcích strávené krve a korelace druhu hostitele s výskytem patogenů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení tématu seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Kombinovaná aplikace genetické a psychologické selekce vhodných dobrovolníků pro studium abnormálně vysokého obsazení dopaminových D2 receptorů metodou pozitronové emisní tomografie

Typ práce: bakalářská nebo magisterská

Školitel: Mgr. Dagmar Riegert Bystřická, Ph.D. , Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.)

Dopamin funguje v mozku jako neurotransmiter, který společně s dalšími hormony významně reguluje fyziologické a behaviorální funkce jako jsou motorické funkce, kognitivní funkce, přičemž se zcela zásadně podílí na tvorbě motivačního systému a touze po odměně. 

Dědičná tendence směřující k časté průzkumné činnosti a intenzivnímu vzrušení v reakci na nové podněty se označuje jako chování typu novelty seeking (NS). Novelty seeking je zařazeno v inventáři povahových vlastností, tzv. Temperament and Character Inventory-Revised (TCI-R), a skládá se ze čtyř podskupin (průzkumné vrušení, impulzivnost, extravagance, neuspořádanost). Dotazník TCI-R je globálně používaný a uznávaný v psychologickém a neurobiologickém výzkumu. Jedinci, kteří mají vysoké skóre novelty seeking, jsou temepramentní, průzkumní, zvědaví, impulzivní, roztržití a snadno podlehnou nudě. Rychle se zapojí do čehokoli, co je nové a neznámé – což může vést k potenciální odměně – ať už jsou to adrenalinové sporty či návykové látky. Vysoké skóre NS je spojováno s nedostatečnou aktivitou dopaminu. 

Ovšem vliv na produkci dopaminu má také genetika. Gen DRD2, kódující dopaminový receptor D2, je intenzivně studován v souvislosti s několika SNP. Mezi ně se řadí např. polymorfismy TaqIA a –141C Ins/Del. Polymorfismus TaqIA, respektive jeho recesivní alela A1, koreluje s o 30 % menší počtem exprimovaných D2 receptorů; alela –141C Del polymorfismu -141C Ins/Del je spojována se sníženou expresí genu DRD2. Funkci dopaminu ovlivňuje i gen COMT (katechol-O-metyltransferáza). Polymorfismus v genu COMT Val158Met zodpovídá za degradaci dopaminu, snižuje funkci tohoto enzymu až o 40 %. Zmíněné polymorfismy ovlivňující funkci dopaminu a/nebo expresi příslušných receptorů, korelují  s lidským chováním. Z tohoto důvodu je zkoumán vztah mezi novelty seeking behavior a dopaminergním systémem.

Co se student naučí: naváže na diplomovou práci Mgr. Lindy Jandové z roku 2019, seznámí se s prací v klinické genetické laboratoři, prakticky zvládne metody izolace DNA, PCR, ELFO, PCR RFLP, real-time PCR, analýza a zpracování výsledků.