Nabídka témat

Školitelka: RNDr. Helena Langhansová, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Kontrolní body imunitního systému, tzv. „immune checkpoint“ jsou regulační mechanismy imunitního systému, známé především z nádorové imunoterapie. Ukazuje se nicméně i jejich význam v jiných chronických onemocněních, včetně infekčních. Cílem této rešeršní práce je zevrubně zpracovat toto téma za účelem nalezení možného využití kontrolních bodů v léčbě těchto onemocnění.

Školitelka: RNDr. Helena Langhansová, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Lymeská borelióza je nejčastější členovci přenášené lidské onemocnění na severní polokouli. Vyznačuje se širokou škálou klinických příznaků a obtížně léčitelnou chronickou fází. Cílem této rešeršní bakalářské práce bude prostudovat současnou odbornou literaturu a najít optimální zvířecí modely pro studium této nemoci s důrazem na aplikovatelnost získaných poznatků v humánní medicíně

Příprava monoklonálních protilátek proti strukturním proteinům viru klíšťové encefalitidy

Školitel: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

Cílem této experimentální bakalářské práce je příprava MAbs po imunizaci purifikovanými inaktivovanými viriony, charakterizace MAbs metodou western blottingu s antigeny viru, purifikace MAbs a určení izotypu, označení MAbs fluorochromy a jejich testování metodou IFAT a průtokovou cytometrií, testování MAbs proti gpE na virovou neutralizaci. Dále se bude student zabývat možnostmi využití MAbs v imunoelektronové mikroskopii.

Příprava monoklonálních protilátek proti proteinům serpinům z klíštěcích slin, Iripinu 1 a 3

Školitel: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.     

Cílem této experimentální bakalářské práce je příprava MAbs po imunizaci rekombinantními serpiny, purifikace MAbs a určení izotypu, testování MAbs na zkříženou reaktivitu s oběma serpiny, testování MAbs na schopnost neutralizovat imunomodulační nebo anti-hemostatické aktivity serpinů.

Charakterizace vybraných proteinových rodin ze slin klíšťat

Školitel: doc. RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Klíštěcí sliny obsahují desítky až stovky nejrůznějších proteinů, z nichž většina zastává nějakou funkci při obcházení hostitelských obranných mechanizmů. Některé skupiny byly už velmi podrobně popsány, včetně experimentálního ověření jejich aktivit v hostitelském systému. Některé skupiny mají již známé proteinové struktury a některé jsou unikátní pro klíšťata a není známa jejich funkce ani struktura. Cílem experimentální bakalářské práce bude podrobná analýza vybrané proteinové skupiny pomocí in silico metod, ověření expresního profilu v klíštěti pomocí qRT-PCR, amplifikace vybraného genu pomocí PCR, jeho zaklonování a osekvenování. Možnost přípravy rekombinantního proteinu. Součástí práce bude vypracování rešerše týkající se proteinů z klíštěcích slin a vybrané proteinové rodiny.

Co se student naučí: Bioinformatické metody (data mining, manipulace s nukleotidovými i proteinovými sekvencemi, základní fylogenetická analýza, 3D modelování proteinů, izolace RNA a DNA, PCR, kvantitativní RT-PCR, molekulární klonování

Optimalization of the method for isolation of viral particles by immunoprecipitation using magnetic beads   

The thesis will be written in English

Supervisor: MSc. Ritesh Khanna, Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.  

Supervisor specialist: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

The aim of this experimental project is to find the method to separate extracellular vesicles (size range 30 nm-200 nm) from virus particles (size 50 nm, tick- borne encephalitis virus); both nanosized particles are released form TBEV - infected macrophages. Methodology of this project involves the preparation of antibody-bound magnetic Dynabeads and a verification of virus binding to beads by western blotting. In addition, the isolation of extracellular vesicles by sucrose cushion ultracentrifugation will be involved. 

Školitel: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

Měření aktivity transkripčních faktorů je způsobem, jak zjistit na úrovni buněčné signalizace mechanismus účinku různých testovaných látek. Transkripční faktory NF-kB, STAT1, CREB a NFAT jsou aktivovány v imunitních buňkách různými signálními dráhami. Jejich aktivitu je možné měřit pomocí tzv. duální luciferázové reportérové eseje, která je založena na měření dvou luciferázových aktivit s využitím dvou plazmidů, reportérového a referenčního. Použití stabilních reportérových buněčných linií představuje zajímavou alternativu k metodě western blotting, která se standardně k analýze signálních drah používá.  

Metodicky projekt zahrnuje práci s buněčnými liniemi, metodu transfekce buněk s vybranými plazmidy a ověření funkčnosti získaných buněčných klonů měřením luciferázové aktivity.