Nabídka témat

Školitelka: RNDr. Helena Langhansová, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Lymeská borelióza je nejčastější členovci přenášené lidské onemocnění na severní polokouli. Vyznačuje se širokou škálou klinických příznaků a obtížně léčitelnou chronickou fází. Cílem této rešeršní bakalářské práce bude prostudovat současnou odbornou literaturu a najít optimální zvířecí modely pro studium této nemoci s důrazem na aplikovatelnost získaných poznatků v humánní medicíně

Charakterizace vybraných proteinových rodin ze slin klíšťat

Školitel: doc. RNDr. Jindřich Chmelař, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Klíštěcí sliny obsahují desítky až stovky nejrůznějších proteinů, z nichž většina zastává nějakou funkci při obcházení hostitelských obranných mechanizmů. Některé skupiny byly už velmi podrobně popsány, včetně experimentálního ověření jejich aktivit v hostitelském systému. Některé skupiny mají již známé proteinové struktury a některé jsou unikátní pro klíšťata a není známa jejich funkce ani struktura. Cílem experimentální bakalářské práce bude podrobná analýza vybrané proteinové skupiny pomocí in silico metod, ověření expresního profilu v klíštěti pomocí qRT-PCR, amplifikace vybraného genu pomocí PCR, jeho zaklonování a osekvenování. Možnost přípravy rekombinantního proteinu. Součástí práce bude vypracování rešerše týkající se proteinů z klíštěcích slin a vybrané proteinové rodiny.

Co se student naučí: Bioinformatické metody (data mining, manipulace s nukleotidovými i proteinovými sekvencemi, základní fylogenetická analýza, 3D modelování proteinů, izolace RNA a DNA, PCR, kvantitativní RT-PCR, molekulární klonování

Sumarizace vztahu mezi úrovní C-peptidu jako glykemického ukazatele a koncentrací jednotlivých lipoproteinů

Školitel: Ing. Vladimír Kron, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

/školitel pracuje od roku 2015 v Institutu zdraví prof. MUDr. Karla Martiníka DrSc., kde se specializuje na metabolickou diagnostiku. Kromě metabolického profilování je součástí komise pro dietetické plány. Od roku se účastní konferencí a přednáší ve Společnosti klinické výživy a intenzivní metabolické péče(H. Králové). Od roku 2019 spolupracuje s Nemocnicí v Č. Budějovicích na publikacích a jako konzultant pro výživu ve směru k metabolickému profilování a klinické biochemii. Dále spolupracuje s Univerzitou Hradec Králové a na publikacích na úrovni biomedicíny./

Druh práce: rešeršní

Práce se bude zabývat sumarizací jednotlivých dat, která se týkají propojením daného metabolického ukazatele a jednotlivých druhů lipoproteinů. Hlavním záměrem je  vytvořit přehled, který bude určovat jaké druhy lipoproteinů /od VLDL až po VHDL/ vykazují vztah k C-peptidu, který je zásadním ukazatelem tvorby inzulinu. Práce je součástí tvorby kompletního přehledu propojení mezi metabolismem sacharidů a složených tuků /lipoproteinů/. 

Diverzita viru klíšťové encefalitidy v přirozených ohniscích na jihu Čech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virus cirkuluje v přírodě mezi svými přirozenými hostiteli (zejména hlodavci) a  vektory - klíšťaty. Jednotlivé kmeny viru klíšťové encefalitidy se mohou významně lišit celou řadou vlastností, včetně patogenity pro člověka. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu viru klíšťové encefalitidy v jeho přirozených ohniscích výskytu, stanovit jejich biologické vlastnosti  a porovnat je s kmeny vyskytujícími se u pacientů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení práce seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování včetně NGS apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Klíšťata a klíšťaty přenášené patogeny v urbánních biotopech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Klíšťata jsou vektory celé řady významných patogenů člověka a zvířat. Jejich výskyt není omezen jen na lesní biotopy, ale stabilní populace klíšťat můžeme najít i ve městech. Spolu s klíšťaty se do tohoto prostředí dostávají i patogeny. Vzhledem k vysoké míře aktivity člověka tyto oblasti představují potenciálně vysoké riziko pro veřejné zdraví. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu bakteriálních a virových patogenů v klíšťatech vyskytujících se v urbánních biotopech. Dále pak stanovení složení hostitelské fauny klíšťat na základě molekulárně biologické detekce hostitelské DNA ve zbytcích strávené krve a korelace druhu hostitele s výskytem patogenů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení tématu seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Školitel: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

Měření aktivity transkripčních faktorů je způsobem, jak zjistit na úrovni buněčné signalizace mechanismus účinku různých testovaných látek. Transkripční faktory NF-kB, STAT1, CREB a NFAT jsou aktivovány v imunitních buňkách různými signálními dráhami. Jejich aktivitu je možné měřit pomocí tzv. duální luciferázové reportérové eseje, která je založena na měření dvou luciferázových aktivit s využitím dvou plazmidů, reportérového a referenčního. Použití stabilních reportérových buněčných linií představuje zajímavou alternativu k metodě western blotting, která se standardně k analýze signálních drah používá.  

Metodicky projekt zahrnuje práci s buněčnými liniemi, metodu transfekce buněk s vybranými plazmidy a ověření funkčnosti získaných buněčných klonů měřením luciferázové aktivity. 

Charakterizace a optimalizace metod použitelných pro inaktivaci viru klíšťové encefalitidy

Školitel: Doc. Jaroslava Lieskovská, Ph.D., Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. 

Školitel specialista: Mgr. Zuzana Beránková, Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Náplní diplomové práce bude otestovat různé způsoby, jenž se používají k inaktivaci virů, s cílem definovat nejvhodnější metody inaktivace pro virus klíšťové encefalitidy. Úspěšnost inaktivace bude posuzována na základě vlivu na virový genom, virové proteiny a na celkovou funkčnost virových částic. Metodicky práce zahrnuje práci s buněčnými kulturami, základní metody používané ve virologii (plaková titrace), molekulární biologii (izolace virové RNA, RT-qPCR, RT-PCR) a imunologii (western blot).

Diverzita viru klíšťové encefalitidy v přirozených ohniscích na jihu Čech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Virus klíšťové encefalitidy je původcem závažného onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Virus cirkuluje v přírodě mezi svými přirozenými hostiteli (zejména hlodavci) a  vektory - klíšťaty. Jednotlivé kmeny viru klíšťové encefalitidy se mohou významně lišit celou řadou vlastností, včetně patogenity pro člověka. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu viru klíšťové encefalitidy v jeho přirozených ohniscích výskytu, stanovit jejich biologické vlastnosti  a porovnat je s kmeny vyskytujícími se u pacientů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení práce seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování včetně NGS apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.

Klíšťata a klíšťaty přenášené patogeny v urbánních biotopech

Typ práce: bakalářská nebo magisterská – rozsah práce lze přizpůsobit

Školitel: Václav Hönig (Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.) – Laboratoř arbovirologie PAÚ BC AVČR

Klíšťata jsou vektory celé řady významných patogenů člověka a zvířat. Jejich výskyt není omezen jen na lesní biotopy, ale stabilní populace klíšťat můžeme najít i ve městech. Spolu s klíšťaty se do tohoto prostředí dostávají i patogeny. Vzhledem k vysoké míře aktivity člověka tyto oblasti představují potenciálně vysoké riziko pro veřejné zdraví. Cílem nabízené bakalářské či magisterské práce je zmapovat diverzitu bakteriálních a virových patogenů v klíšťatech vyskytujících se v urbánních biotopech. Dále pak stanovení složení hostitelské fauny klíšťat na základě molekulárně biologické detekce hostitelské DNA ve zbytcích strávené krve a korelace druhu hostitele s výskytem patogenů. Téma v sobě kombinuje jak práci v terénu (sběr klíšťat), tak práci v laboratoři. Student/ka se v rámci řešení tématu seznámí s řadou široce uplatnitelných metod molekulární biologie (zpracování vzorku, izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR, sekvenování apod.), virologie (práce s infekčním materiálem - BSL2, izolace viru na buněčných kulturách, plaková titrace apod.) i základními statistickými a fylogenetickými metodami.