Katedra botaniky garantuje magisterský i doktorský studijní program BOTANIKA a zajišťuje kurzy a školení studentů s botanickým zaměřením v bakalářských studijních programech BIOLOGIE, BIOLOGIE PRO VZDĚLÁVÁNÍ a PÉČE O ŽIVOTNÍ PROSTŘEDÍ. Katedra také koordinuje mezikatedrový magisterský obor ECOLOGY vyučovaný v angličtině. Vzhledem k šíři tematického záběru i metodického přístupu zahrnuje program několik základních směrů: Algologie, Archeobotanika, Ekologie populací a společenstev, Mykologie včetně lichenologie, Systematika vyšších rostlin, a Vegetační ekologie a ekologie obnovy.

Výzkum probíhá v terénu i v laboratoři přímo na katedře nebo ve spolupráci s různými institucemi u nás i v zahraničí, především s Botanickým ústavem AV ČR v Třeboni. V projektech se propojují tradiční přístupy s nejmodernějšími metodami. Důraz je kladen na dokonalou znalost zkoumaných organismů (sinic a řas, hub a lišejníků, mechorostů a cévnatých rostlin) a využití moderních molekulárně-genetických metod, zobrazovacích technik i kvalitní statistické analýzy dat. Některé projekty jsou úzce propojeny s ochranářskou praxí.

Některé informace najdete na staré stránce katedry botaniky.