Přírodovědecká fakulta v současné době spolupracuje s téměř dvěma desítkami fakultních škol. Spolupracujeme zejména při přípravě budoucích středoškolských pedagogů odborných předmětů.

Spolupráce probíhá na úrovni všech přírodovědných oborů, spočívá rovněž v odborných konzultacích s vědci z PřF. Učitelé a studenti z fakultních škol se mohou pravidelně účastnit akcí pořádaných pro střední školy jako jsou kurzy pro pedagogy, talentované žáky, vedení SOČ, přednášky, nebo exkurze pro celé třídy.

Témata a možnosti spolupráce vychází z pravidelné komunikace mezi PrF JU a středními školami.

• Gymnázium Jírovcova, České Budějovice

• Gymnázium Česká, České Budějovice

• Gymnázium J. V. Jirsíka, České Budějovice

• Česko-anglické gymnázium, České Budějovice

• Biskupské gymnázium České Budějovice

• Gymnázium Český Krumlov

• Gymnázium Prachatice

• Gymnázium Třeboň

•  Educanet ČB

•  SOŠ strojní a elektrotechnická, Velešín

•  Střední průmyslová škola stavební, České Budějovice

•  Střední průmyslová škola strojní a elektrotechnická, České Budějovice

• Střední škola obchodní, České Budějovice

•  Střední odborná škola ekologická a potravinářská, Veselí nad Lužnicí

• Střední škola a Jazyková škola s právem SJZ, Volyně

• Gymnázium Pierra de Coubertina, Tábor

• Gymnázium Týn nad Vltavou

• Střední zdravotnická škola a Vyšší odborná škola zdravotnická, České Budějovice

• Střední odborná škola elektrotechnická, Centrum odborné přípravy, Hluboká nad Vltavou

• Střední škola spojů a informatiky, Tábor

• VOŠ, SPŠ automobilní a technická, České Budějovice

• Gymnázium Soběslav