Řasy a rostliny produkují významnou část atmosférického kyslíku během procesu, který se nazývá fotosyntéza. Ten probíhá ve specializovaných buněčných organelách zvaných chloroplasty. Ty se vytvořily z fotosyntetických bakterií, ve kterých se fotosyntéza původně vyvinula. V průběhu evoluce se tyto bakterie staly buněčnými organelami, tedy nedílnou součástí rostlinných buněk. Chloroplasty ale již nemohou žít samostatně a musí importovat většinu proteinů, které potřebují k životu, z hostitelské buňky. Proteiny určené pro chloroplasty jsou rozpoznávány buněčnými transportními systémy díky vnitrobuněčné adrese, specifické sekvenci na začátku proteinu, která je nezbytná k jejich cílení do správné organely. Předpovídání takových signálů z genetických sekvenčních dat je důležitým nástrojem nejen pro výzkum fotosyntézy. Tyto signály se však mezi různými skupinami rostlin a řas liší, takže metody pro předpovídání chloroplastových proteinů musí být upraveny pro různé skupiny řas.
Výzkumníci z Jihočeské univerzity, Biologického centra Akademie věd ČR a University of Washington vyvinuli softwarové řešení pro předpovídání chloroplastových proteinů u rozsivek, druhově bohaté skupiny řas, jejichž příspěvek ke globální obměně kyslíku je srovnatelný s amazonským deštným pralesem. Software byl nyní publikován v renomovaném vědeckém časopise 'The Plant Journal'. Zdrojový kód je open-source a je také nabízen jako online služba Jihočeskou univerzitou s podporou ELIXIR-CZ a využívá její úložné a výpočetní zdroje.
A) ASAFind vyhodnocuje vstupní sekvence podle matice vypočítané ze sady známých plastidových proteinů rozsivek.
B) Grafický výstup ASAFind 2.0; zbytky testované sekvence jsou zvýrazněny na pozadí hodnotící matice.
Publikace v časopise The Plant Journal: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.70138
Služba je dostupná na: https://asafind.jcu.cz/
GitHub repozitář: https://github.com/ASAFind/ASAFind-2
Služba je registrována do bio.tools jako: https://bio.tools/asafind
ASAFind 2.0 podporuje kromě lokální registrace také přihlášení přes:
• Life Science AAI (preferované) - https://lifescience-ri.eu/home.html,
• ORCID
• Google
