Povinné předměty
KME/xxx Zdravotnická informatika
URT/xxx Základy radiační ochrany
KME/481 Lékařská mikrobiologie
KME/721 Klinická imunologie a alergologie
KME/xxx Klinická genetika
KME/xxx – Moderní metody klinické biochemie
KME/748 Farmakologie a toxikologie
KME/xxx Epidemiologie
KME/242 Reprodukční genetika člověka
KME/xxx Laboratorní metody v ochraně a podpoře veřejného zdraví
ULZ/xxx Zdravotnické prostředky
UFM/xxx Základy klinických lékařských oborů
KME/729 Infekční lékařství
KME/726 Hematologie a transfuzní lékařství
FPR/913 Školení BOZP a kyberbezpečnosti
KME/xxx Základy psychologie
KME/xxx Komunikace s pacientem a etika ve zdravotnictví
UOP/xxx První pomoc, zajišťování zdravotní péče v mimořádných a krizových situacích
UHP/xxx Poskytování zdravotních služeb a právní souvislosti
KME/xxx Administrativní činnosti ve zdravotnictví
KME/xxx Zabezpečení systému kvality (management kvality v laboratořích)
KME/885 Zadání diplomové práce
KME/xxx Magisterská diplomová praxe 1
KME/xxx Magisterská diplomová praxe 2
KME/xxx Magisterská diplomová praxe 3
KME/xxx Magisterská diplomová praxe 4
KME/179 Seminář magisterských oborů - klinická biologie

Povinné praxe
KME/xxx Praxe v laboratoři klinické biochemie
KME/xxx Praxe v laboratoři lékařské mikrobiologie
KME/xxx Praxe v laboratoři klinické hematologie a transfúzního oddělení
KME/xxx Praxe v laboratoři klinické imunologie a alergologie
KME/xxx Praxe v laboratoři molekulární biologie a genetiky
KME/xxx Praxe v laboratoři histologie
KME/xxx Praxe v laboratoři pro ochranu a podporu veřejného zdraví
KME/xxx Praxe v laboratoři pro přípravu léčivých přípravků

Podmínka pro splnění této skupiny předmětů:
Je třeba splnit všechny povinné předměty v celkové hodnotě 87 kreditů.
Pozn. Kurz KME/179 Seminář mag. oborů KME se zapisuje povinně 2x za Mgr. studium (celkem za 4 kredity).
Pozn. Kurzy se zkratkou XXX budou nově vytvořeny.

Povinně volitelné předměty – skupina 1
Rozšíření v oblastech genetika, molekulární biologie, bioinformatika
KMB/613 Bioinformatics for Biologist
KMB/603 Pokročilé metody molekulární biologie
KMB/932 Fundamental human genetics

Podmínka pro splnění této skupiny předmětů:
Je třeba splnit alespoň 9 kreditů.

Povinně volitelné předměty – skupina 2
Rozšíření v oblastech základy z klinických lékařských oborů, lékařská mikrobiologie a imunologie
KME/065 Metody mikrobiální diagnostiky
KME/603 Lékařská virologie
KPA/172 Microbial ecology and genomics
KME/060 Lékařská parazitologie pro
klin. biology
KME/746 Výživa a metabolismus člověka

Podmínka pro splnění této skupiny předmětů:
Je třeba splnit alespoň 11 kreditů.

Povinně volitelné předměty – skupina 3
Rozšíření v oblasti klinická biochemie
UCH/751 Metabolomika a chemometrie
KME/722 Klinická biochemie II

Podmínka pro splnění této skupiny předmětů:
Je třeba splnit alespoň 3 kredity.

Povinně volitelné předměty - skupina 4 
OJZ/930 Magisterská zkouška
z angličtiny TOEFL
OJZ/935 Magisterská zkouška
z angličtiny TOEIC

Podmínka pro splnění této skupiny předmětů: Je třeba splnit 8 kreditů.

Celkem student musí splnit 87 kreditů z povinných předmětů a 31 kreditů z povinně volitelných předmětů.

Studijní plán je sestaven poměrně striktně vzhledem k nutnosti naplnění požadavků Ministerstva zdravotnictví. Je třeba splnit 87 kreditů z povinných předmětů a 31 z povinně volitelných.

Téma magisterské práce navrhuje po dohodě se studentem jeho školitel a téma schvaluje vedoucí katedry a garant studijního programu. Jelikož je diplomová práce součástí praktického vyučování, jsou témata navržena a schválena tak, aby svým zaměřením pokrývala jednu či více oblastí, souvisejících s klinickým a laboratorním zaměřením programu. Téma nemusí být klinické, ale využívané metody musí a) mít využití v laboratorní diagnostice, b) vést k rozšíření laboratorních dovedností studenta nebo c) vést k rozšíření schopnosti studenta zpracovávat, analyzovat a interpretovat klinická a laboratorní data. Téma diplomové práce musí být experimentální, je povoleno zpracování klinických dat a jejich analýza a interpretace. Na vedení kvalifikačních prací se vedle akademických pracovníků PřF JU mohou podílet výzkumníci ústavů Akademie Věd ČR či lékaři (především z Nemocnice České Budějovice). V případě externího školitele je studentovi přidělen fakultní garant, který dohlíží na plnění všech předepsaných povinností.

Příklady návrhů témat magisterských prací:

• Hyperkolagulační stavy u žen po in vitro fertilizaci
• Klinický význam některých mutací u mnohočetného myelomu
• Protinádorová imunoterapie založená na nespecifické instalaci protilátek na povrch nádorových buněk
• Ověření vlivu primárních imunitních buněk a jejich detekovatelných markerů během časné fáze infekce virem klíšťové encefalitidy
• Významné genetické faktory asociované s výskytem vybraných psychiatrických diagnóz v české populaci
• Výskyt laktózové intolerance v české populaci
• Možná asociace polymorfismů v genu pro dopaminový receptor D2 (DRD2) s lidským chováním
• Analýza vybraných genových polymorfismů a její význam pro individualizovanou farmakoterapii
• Patogeneze klíšťové encefalitidy a její ovlivnění genetickým pozadím hostitele

• Příprava rekombinantních proteinů ze slinných žláz klíštěte Ixodes ricinus

Příklady experimentálních magisterských prací obhájených na Katedře medicínské biologie:

• Vliv klíštěcích slin na replikaci viru klíšťové encefalitidy v myších makrofázích. Úloha interferonu a oxidu dusnatého. 
• Zavedení a optimalizace in vivo modelů zánětu a jejich využití pro funkční analýzu inhibitorů proteáz z klíštěcích slin. 
• Detekce a kvantifikace inhibitorů proteáz v klíštěti Ixodes ricinus pomocí monoklonálních protilátek.
• Mechanismy imunitní odpovědi při léčbě rakoviny kotvením ligandů fagocytárních receptorů na povrch nádorových buněk. 
• Úloha inhibičních receptorů PD-1 a PD-L1 při infekci Borrelia burgdorferi u myší
• Střevní prvok Dientamoeba fragilis u nehumánních primátů a jejich ošetřovatelů v českých zoologických zahradách
• Ověření cytostatických a protizánětlivých účinků fukoxanthinu v různých typech buněčných kultur
• Interakce myších keratinocytů s virem klíšťové encefalitidy, efekt klíštěcích slin

Státní závěrečná zkouška, jejíž součástí je i obhajoba diplomové práce, se koná před komisí jmenovanou děkanem. Zkouška obvykle trvá 2 hodiny a je postavena zejména na znalostech získaných v povinných a povinně volitelných předmětech skupiny A, které spadají do okruhů státnicových předmětů.

1. Obhajoba diplomové práce (1 hodina)
2. Zkouška z okruhu Klinická imunologie a alergologie (20 minut) (KME/721 Klinická imunologie a alergologie)
3. Zkouška z okruhu Molekulární biologie a genetika (20 minut) (KMB/603 Pokročilé metody molekulární biologie, KME/xxx Klinická genetika)
4. Zkouška z jednoho z okruhů: (20 minut)
   1. Klinická biochemie (KME/722 Klinická biochemie II, KME/xx Moderní metody klinické biochemie)
   2. Klinická hematologie a transfuzní lékařství (KME/726 Hematologie a transfúzní lékařství)
   3. Klinická mikrobiologie (KME/481 Lékařská mikrobiologie, KME/065 Metody mikrobiální diagnostiky, KME/603 Lékařská virologie)