Defense of bachelor's theses

16. 9. 2025, C6

8:00-8:45         Visualisation of salivary glands in Female and Nymphal Ixodes ricinus.

8:45-9:30       Expression of immunogenic proteins from the relapsing fever spirochete Borrelia duttonii and their potential as diagnostic markers.

This defense is not public.  

09:30-10:15      Structural adaptations in prokaryotic tRNAs and their role in UGA to Tryptophan reassignment.

10:15-11:00     Preparation of TBEV minigenome.

11:00-11:45     Bacterial metabolites based pest control.

12:45-13:30      Validation of Antibodies for cold-shock proteins in Chymomyza costata.

13:30-14:15        Structural Characterization and pH-Dependence of a LEA-like Protein Involved in Cold-Related Stress Tolerance in Chymomyza costata.

14:15-15:00       3D SBF-SEM analysis of effect that SARS-COV 2 mutation 951 has on mouse lungs.

 17. 9. 2025, C6

8:00-8:45       Comparison of toxicity and colouration in the beetle Harmonia axyridis.

8:45-9:30       Comparison of toxicity and colouration in ladybird beetles.

09:30-10:15    Oviposition deterring pheromone in ladybird beetle Harmonia axyridis.

12:00-12:45      Adaptation mechanism of Streptomyces sp. BCCO_10_2060 to cold stress. 

12:45-13:30   Enriching and characterising a unique bacterium from desert soils capable of oxidising atmospheric methane.

13:30-14:15   Optimizing soil nucleic acid extraction protocol to fit third-generation, single-strand sequencing technologies.                  

14:15-15:00   Apoptosis markers of the Anisakis excretory gland cell.

15:00-15:45     Metabolic Fluxes in Sediments enriched with Lokiarcheaota.

State final examinations

18. 9. 2025, C3, C4, C6

Biochemistry, C6 – 8:00-17:00

Biology of Microorganisms, C3 – 8:00-17:00

Molecular Biology and Genetics, C4 – 8:00-17:00

Biomedicine C3 – 16:00-16:30

Biology of Animals, C3 – 11:00-11:30

Defense of bachelor's theses

16. 9. 2025, C6

8:00-8:45         Visualisation of salivary glands in Female and Nymphal Ixodes ricinus.

8:45-9:30       Expression of immunogenic proteins from the relapsing fever spirochete Borrelia duttonii and their potential as diagnostic markers.

This defense is not public.  

09:30-10:15      Structural adaptations in prokaryotic tRNAs and their role in UGA to Tryptophan reassignment.

10:15-11:00     Preparation of TBEV minigenome.

11:00-11:45     Bacterial metabolites based pest control.

12:45-13:30      Validation of Antibodies for cold-shock proteins in Chymomyza costata.

13:30-14:15        Structural Characterization and pH-Dependence of a LEA-like Protein Involved in Cold-Related Stress Tolerance in Chymomyza costata.

14:15-15:00       3D SBF-SEM analysis of effect that SARS-COV 2 mutation 951 has on mouse lungs.

 17. 9. 2025, C6

8:00-8:45       Comparison of toxicity and colouration in the beetle Harmonia axyridis.

8:45-9:30       Comparison of toxicity and colouration in ladybird beetles.

09:30-10:15    Oviposition deterring pheromone in ladybird beetle Harmonia axyridis.

12:00-12:45      Adaptation mechanism of Streptomyces sp. BCCO_10_2060 to cold stress. 

12:45-13:30   Enriching and characterising a unique bacterium from desert soils capable of oxidising atmospheric methane.

13:30-14:15   Optimizing soil nucleic acid extraction protocol to fit third-generation, single-strand sequencing technologies.                  

14:15-15:00   Apoptosis markers of the Anisakis excretory gland cell.

15:00-15:45     Metabolic Fluxes in Sediments enriched with Lokiarcheaota.

State final examinations

18. 9. 2025, C3, C4, C6

Biochemistry, C6 – 8:00-17:00

Biology of Microorganisms, C3 – 8:00-17:00

Molecular Biology and Genetics, C4 – 8:00-17:00

Biomedicine C3 – 16:00-16:30

Biology of Animals, C3 – 11:00-11:30

Den otevřených dveří na JU: Chemie a nový program Management udržitelnosti

V pátek 24. ledna jsme během dne otevřených dveří na Jihočeské univerzitě přivítali návštěvníky, převážně středoškoláky, a představili jim možnosti studia chemie na Přírodovědecké fakultě (Studijní program Chemie a Biological chemistry). Současně jsme také prezentovali nový studijní program Management udržitelnosti, který se zaměřuje na klíčová témata spojená s udržitelným rozvojem.

Návštěvníci si mohli prohlédnout moderní přístroje pro ultrastopovou analýzu, seznámit se s enzymy štěpícími konkrétní místa v DNA, vyzkoušet si krystalizaci proteinů či změřit salinitu mořské vody. Kromě praktických ukázek měli možnost zapojit se do psaní udržitelného příběhu, luštit tematické kvízy nebo diskutovat s odborníky u modelu říční nivy o problematice zadržování vody v krajině.

Akce nabídla inspirativní vhled do možností studia a vědecké práce na naší fakultě. Děkujeme všem účastníkům za zájem a těšíme se na další setkání!

Zpět na Katedru chemie

Dvě třídy devátých ročníků ze ZŠ Rudolfov navštívily Přírodovědeckou fakultu Jihočeské univerzity, kde si na vlastní kůži vyzkoušely, jak fascinující může být svět chemie.
 
Během interaktivního programu si žáci připravovali vodík, sledovali efektní „faraonovy hady“, testovali hořící gel, míchali roztoky a měřili pH. Vše bylo propojeno s reálnými situacemi, aby si mohli představit, jak se chemie uplatňuje v každodenním životě. Nechyběla ani ukázka moderních přístrojů – kapalinového a plynového chromatografu – které se využívají například při analýze dopingu nebo zkoumání vzorků krve a moči. Dozvěděli se také, co jsou polyaromáty a jak souvisí s grilováním masa nebo topením v krbu. A jako bonus si mohli zvážil vlastní vlas!
 
Věříme, že tato návštěva byla pro mnohé inspirací a možná i prvním krokem k budoucí kariéře v přírodovědných oborech. Děkujeme za návštěvu a těšíme se na další zvídavé studenty!

Naše doktorandské studentky biochemie Mgr. Lenka Doudová a Mgr. Zuzana Dvorníková z katedry chemie se začátkem října zúčastnily mezinárodního setkání „MC meeting and workshop about applying an interdisciplinary approach for tick and tick-borne pathogen (TBP) risk assessment while implementing the DAMA protocol", které se konalo ve dnech 2.–3. října 2025 v rumunské Kluži.

Na workshop byly pozvány, aby představily výsledky své výzkumné mise podpořené grantem Short-Term Scientific Mission (STSM) v rámci programu PRAGMATICK. Během krátké prezentace zde představily své poznatky z projektu zaměřeného na „Production and potential application of Single-Domain Antibodies for the detection of tick-transmitted diseases“ prezentované Lenkou Doudovou a “Protein-saccharide interaction of Lyme Borreliosis decorin binding proteins” prezentované Zuzanou Dvorníkovou.

Setkání se soustředilo na propojení různých vědních disciplín při hodnocení rizik spojených s klíšťaty a jimi přenášenými patogeny, a na praktické využití tzv. DAMA protokolu (Document–Assess–Monitor–Act). Akce nabídla prostor pro sdílení zkušeností a prohloubení mezinárodní spolupráce mezi výzkumníky napříč Evropou.

V pondělí 12.8. se na Letním dětském táboře – 4. běhv Zalužanech, který je pořádán Nezávislou odborovou organizací Bulovka ve spolupráci s FN Bulovka, uskutečnilo dopoledne s chemií. Tábora se účastnilo 56 dětí ve věku 5-16 let. Děti si na čtyřech stanovištích vyzkoušely izolaci DNA, jednoduché chemické pokusy, vyrobit starodávnou fotografii a pomohly chemikům zachránit poklad a uniknout tak před zloději. Pro Katedru chemie to bylo poprvé, kdy se kolegyně vydaly se stanovišti mimo prostory PřF JU. Nezalekly se improvizovaných prostor ani dotazů dětí i jejich vedoucích, a nakonec byly odměněny úsměvy a nadšením všech.

Zpět na Katedru chemie

Dne 26. 11. 2024 se některé studentky a studenti Katedry chemie zúčastnili exkurze ve farmaceutické společnosti ARDEAPHARMA, a.s. (https://www.ardeapharma.cz/). Velice zajímavý program prezentovaný vedoucím kontroly kvality, výrobní ředitelkou i samotným ředitelem společnosti se sestával nejen z vlastní prohlídky kontrolní analytické laboratoře, ale i prostorů výroby léčivých přípravků, balící linky, technologického zázemí či skladu. Společnost je řízena dle mezinárodně uznávaných standardů kvality GMP, ISO 9001 a ISO 14001. Tato exkurze tak mohla zprostředkovat všem zúčastněným malé okénko do velkého světa reálné praxe v přísně regulované sféře v oblasti farmaceutického průmyslu, se kterou jsou studenti seznamováni v rámci předmětu UCH/268 Laboratorní praxe v akreditovaných laboratořích.

Poslední únorový týden roku 2025 proběhla exkurze v českokrumlovského výrobního závodu společnosti Madeta*. Jedná se o moderní potravinářský biotechnologický provoz specializovaný na výrobu známého plísňového sýra Jihočeská niva. Exkurze byla organizována v rámci předmětu UCH/957 Potravinářské chemie a technologie a zúčastnili se jí nejen studenti a vyučující tohoto předmětu, ale i další studentky a studenti z Katedry chemie. Po příjezdu do areálu jsme byli nejprve mile přivítáni obchodním manažerem panem Ladislavem Dvořákem ml., načež následovalo neméně milé společné posezení s ředitelem závodu panem Pavlem Hlásenkým v jeho kanceláři. Pan ředitel nás přivítal v pravém maděťáckém stylu – s nakrájeným sýrem Jihočeská niva, speciálním lahodným zákysem, máslem a čerstvým pečivem, takže jeho zajímavá úvodní řeč byla skvěle podtržena i v rovině lahodných chutí a vůní. Prezentace pana ředitele prostupovaná vzpomínkami bývalého dlouholetého technologa pana Ladislava Dvořáka st. na časy i technologie dávno minulé postupně přešla v živou diskusi a po dostatečném uvedení do tématu následovala vlastní exkurze ve výrobním provozu. Po rozdělení na 3 malé skupinky jsme byli za poslechu zajímavého výkladu postupně provedeni celým závodem od příjmu mléka, přes výrobu sýrů, zrání, balení až po skladování a expedici hotových výrobků. Od začátku do konce se jedná o velice moderní provoz s vysokou mírou automatizace i důsledné kontroly jakosti. Na závěr proběhlo ještě krátké posezení s diskusí nad čerstvými zážitky z provozu a poté už zbývalo jen milé rozloučení. Tímto bychom chtěli ještě jednou dodatečně velice poděkovat všem zainteresovaným představitelům Madety za další úžasnou exkurzi a celé společnosti mnoho obchodních, technologický i dalších úspěchů.

Za PřF JU David Kahoun.

Základní informace z oficiálních stránek společnosti (www.madeta.cz):
*Historie tohoto závodu se začala datovat v druhé polovině 40. let, kdy vzniklo Mlékařské družstvo v Českém Krumlově. Madeta Český Krumlov je s roční kapacitou 2000 tun největším producentem plísňového sýra niva v České republice. Kromě Jihočeské nivy 45 % je vyráběna i tučnější varianta tohoto sýra Jihočeská niva 60 % a novinka Jihočeská niva Fit 30 %. Vyrábí se zde i prémiové plísňové sýry Jihočeská niva Premium nebo Caesar.

The Faculty of Science of the University of South Bohemia in České Budějovice has signed a memorandum of cooperation with the International Film Festival Water sea oceans. This step transforms the existing collaboration into an official partnership aimed at raising awareness about environmental protection, water, and climate—not only during the festival week but also through additional events throughout the year.

“We are pleased to be part of this wonderful initiative, which aims to inspire a more responsible approach to nature and water resources—something that is naturally close to us as scientists. We believe that our joint activities will bring new inspiration not only to the festival but also to our faculty and its students. We would like to invite audiences to the film festival, which will take place this year from September 8 to 14 in Hluboká nad Vltavou, where they can look forward to expert lectures led by scientists and specialists from our faculty,” said Vice-Dean for Public Relations RNDr. Magda Zrzavá, Ph.D.

Fotoreportáž Červnový den s Přírodovědeckou fakultou pro žáky ZŠ a SŠ

Zpět na: Aktuálně

Vyšlo nové číslo časopisu Živa (4/2025), které je celé věnováno jednomu z nejdůležitějších procesů na naší planetě – fotosyntéze. Tato fascinující schopnost rostlin, řas a sinic přeměňovat energii slunečního záření na energii chemickou je jedním ze základních předpokladů života na Zemi tak, jak ho známe.

Editorem tematického čísla je Jiří Šantrůček, který přispěl i vlastními články o metodách měření výměny plynů. Do čísla významně přispěli i další členové naší katedry: Tomáš Hájek se zaměřil na fluorescenci chlorofylu, Jiří Kubásek představil využití stabilních izotopů při studiu fotosyntézy a Jiří Květoň popsal využití gazometrie při sledování výměny kyslíku. K článkům Jiřího Kubáska a Jiřího Šantrůčka přispěla rovněž Tereza Kalistová. Celé číslo doplňuje úvaha Ondřeje Prášila o tom, jak by bylo možné fotosyntézu ještě zefektivnit a posunout její potenciál dále.

Výsledkem je pestrý a zároveň hluboký pohled na proces, který formuje život na Zemi a ovlivňuje i budoucnost lidstva.

Nosorožci patří k nejohroženějším skupinám savců planety. Vzhledem k dramatickému úbytku jejich populací i úsilí o jejich ochranu je klíčové zpřístupňovat veřejnosti i odborníkům aktuální poznatky o jejich biologii, vývoji a taxonomii. Nově vydaná kniha Rhinos of the World shrnuje současný stav poznání všech pěti žijících druhů nosorožců a věnuje se také hlavním ochranářským problémům a strategiím.

Součástí publikace jsou i dvě kapitoly zaměřené na evoluci nosorožců. Na jedné z nich – věnované fylogenezi a systematice recentních druhů – se výrazně podílel zoolog Jan Robovský z Katedry zoologie Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity.
Kapitola přináší aktuální pohled na vývojové vztahy mezi současnými druhy nosorožců, upozorňuje na komplikace při určování jejich příbuznosti a nabízí syntézu poznatků z různých výzkumných přístupů – včetně morfologie, genetiky a paleontologie. Výsledkem je moderní taxonomický přehled, který doplňuje některé dlouho chybějící informace – například systematické zařazení poddruhů nosorožce dvourohého, na něž se čekalo více než padesát let. Moodley, Y., Robovský, J. (2025).

Moodley, Y., Robovský, J. (2025). Phylogeny and Systematics of the Extant Rhinoceros, pp. 3-29. In: Melletti, M., Talukdar, B., Balfour, D. (eds) Rhinos of the World. Fascinating Life Sciences. Springer, Cham.
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-67169-2_1 

Phaeocystales, a group of bloom-forming marine algae, are gaining attention for their global reach and surprising adaptability. Found from the icy waters of the Southern Ocean to tropical seas, these nanoplankton can make up nearly 10% of the ocean’s plankton biomass. They drift as single cells or join forces into vast, jelly-like colonies that can stretch for hundreds of square kilometres – sometimes large enough to be seen from space.

When Phaeocystis forms blooms, its cells secrete a sticky, mucus-like matrix that floats just below the surface and can generate foamy layers along coastlines. These smelly, gelatinous blooms have disrupted tourism and clogged fishing nets and aquaculture equipment from the North Sea to the Mediterranean, with single events costing tens of millions of dollars. Yet, these same organisms play vital ecological roles: their flexibility allows them to thrive where other plankton cannot, from dim, nutrient-poor waters to frigid polar seas. They are also key players in the cycling of carbon and sulphur, helping regulate Earth’s climate by producing dimethyl sulphide (DMS) – a compound that influences cloud formation and atmospheric cooling.

Now, a team led by Andrew Allen, Ph.D. (J. Craig Venter Institute and Scripps Institution of Oceanography) and Mgr. Zoltán Füssy, Ph.D. (University of South Bohemia) has decoded the genetic secrets behind Phaeocystis’ success. Their study, published in Nature Communications, provides the most comprehensive genomic insight into the group to date.

By sequencing 13 strains of Phaeocystales, including high-quality reference genomes for three species, the researchers uncovered how these algae adapt to a wide range of conditions. The genomes reveal signs of mixotrophy – using both dissolved nutrients and live prey for nutrition – as well as adaptations to iron and vitamin B12 scarcity in polar regions. The team also found evidence of horizontal gene transfer and viral DNA insertions, showing that Phaeocystis evolution has been shaped by interactions with other marine microbes and viruses. Together, these discoveries highlight Phaeocystis as a remarkably versatile and influential group of algae – one whose genetic complexity and ecological reach make it a key piece in understanding the future of our changing oceans.

In addition to collaborators from České Budějovice, San Diego, and the US Department of Energy, Joint Genome Institute (JGI), the teams included researchers from the United States, The Netherlands, France, and Australia. This project was funded in part by National Oceanic and Atmospheric Administration grants NA15OAR4320071 and NA19NOS4780181, National Science Foundation grants NSF OCE-1756884 and NSF OCE-2224726, and the Simons Collaboration on Principles of Microbial Ecosystems (PriME) grant 970820.

For the article click here.

Image courtesy Ian Probert (Roscoff Culture Collection, France).

Řasy z řádu Phaeocystales, tvořící mohutné mořské květy, si získávají pozornost díky své mimořádné ekologické roli a celosvětovému rozšíření. Tyto drobné jednobuněčné organismy, které se vyskytují ve všech oceánech – od ledových vod Antarktidy až po tropické moře – mohou tvořit až 10 % celkové biomasy planktonu. Žijí buď jednotlivě, nebo vytvářejí obrovské kolonie, které pokrývají stovky čtverečních kilometrů a jsou viditelné i z vesmíru.

Když Phaeocystis vytváří rozsáhlé květy, buňky se spojují do lepkavé hmoty připomínající hlen, která plave těsně pod hladinou a často vytváří pěnu se silným zápachem. Tyto květy mohou narušovat turistiku a komplikovat rybolov i akvakulturu, protože ucpávají sítě a potrubí, v oblastech jako Severní moře či Středozemí. Přesto však hrají důležitou ekologickou roli: díky své biologické přizpůsobivosti se jim daří i při nedostatku světla a živin, v širokém rozmezí teplot i slanosti, a jsou tak klíčovou součástí mořských potravních sítí.

Kromě toho mají zásadní význam v koloběhu uhlíku a síry, kde přispívají k tzv. biologickému uhlíkovému čerpadlu – tím, že jejich kolonie klesají do hlubin oceánu a odvádějí uhlík z atmosféry. Produkují také dimethylsulfid (DMS), sloučeninu ovlivňující tvorbu mraků a tím i klima.

Tým vedený Andrewem Allenem (J. Craig Venter Institute a Scripps Institution of Oceanography) a Zoltánem Füssym (Jihočeská univerzita) nyní rozluštil DNA tohoto pozoruhodného řádu řas, zejména rodu Phaeocystis. Výsledky publikované v časopise Nature Communications přinášejí dosud nejucelenější pohled na jejich genetickou výbavu a evoluční přizpůsobivost.

Výzkumníci sekvenovali 13 kmenů Phaeocystales, včetně tří vysoce kvalitních referenčních genomů. Tyto genomy odhalují evoluční inovace umožňující přežití v extrémních podmínkách, metabolickou flexibilitu i známky horizontálního přenosu genů a virových vložek. Studie tak ukazuje, že Phaeocystales se vyvíjely ve složitém vztahu s dalšími mořskými organismy i viry a že jejich genetická rozmanitost má zásadní význam pro pochopení fungování oceánských ekosystémů i změn klimatu.

Kromě spolupracovníků z Českých Budějovic, San Diega a Joint Genome Institute (JGI) amerického ministerstva energetiky, tým zahrnoval výzkumníky z USA, Nizozemska, Francie a Austrálie. Projekt byl hrazený veřejnými a soukromými sponzory (National Oceanic and Atmospheric Administration, National Science Foundation, a Simons Foundation).

Odkaz na celý vědecký článek zde.

Fotografie poskytl Ian Probert (Roscoff Culture Collection, Francie).

Na začátku září proběhl historicky první úvodní kurz nového profesního bakalářského studijního programu Management udržitelnosti, neformálně nazývaný SkočMudr.

Úvod patřil seznámení studentů a vysvětlení systému studia. Poté jsme se krátce věnovali tématu ekosystému. Kurz byl koncipován tak, aby budoucí manažeři udržitelnosti poznali, jak vypadá práce biologa či chemika v terénu. Ve své praxi totiž budou s odborníky z těchto oblastí často komunikovat, a proto je nezbytné, aby jejich práci dobře chápali.

Během prvního odpoledne se účastnici seznámili se dvěma biotopy – loukou a rybníkem a měli možnost nahlédnout do práce botanika, hydrobiologa a chemika v terénu. Vyzkoušeli si určování rostlin do čeledí, práci s aplikacemi Pladias a PlantNet, vegetační snímkování, odběr vzorků vody, určování organismů, měření pH a vodivosti – a především se dozvěděli, k čemu tyto metody slouží. Večer pak pokračoval program přednáškou kolegyně z Teologické fakulty s názvem Environmentální udržitelnost – integrální přístup.

Druhý den dopoledne byl věnován ornitologii a entomologii. Naskytla se možnost vysvětlit si některé zajímavé ekologické jevy přímo v praxi. Studenti se učili rozpoznávat ptáky pomocí aplikace Merlin, která dokáže identifikovat druhy podle zpěvu. Odpoledne následoval sběr dat v terénu – každý účastník si vybral téma své terénní praxe a pod odborným vedením se věnoval sběru dat v různých prostředích.

Brzké ranní hodiny patřily natahování ptačích sítí a povídání o ptácích. Následně byl dokončen sběr dat a studenti se seznámili se základy jejich zpracování na počítači. Na závěr kurzu proběhly krátké prezentace jednotlivých témat terénní práce. Každý si tak připravil podklady pro navazující kurz Ekologie a ochrana biodiverzity I, který je součástí prvního semestru studia.

V uplynulém víkendu proběhl jednodenní, úzce specializovaný kurz pro pedagogy chemie. Společně jsme se ponořili do světa moderních výukových technologií. Učitelé se seznámili se třemi různými chemickými softwary, které lze efektivně využít při výuce na středních školách – a to nejen jako vizualizační pomůcku, ale především jako silný aktivizační prvek, který dokáže studenty zaujmout a vtáhnout do děje.

Kurz se nezaměřil pouze na technickou stránku práce se softwary, ale kladl důraz i na metodiku – tedy jak připravit hodinu chemie tak, aby vizuální výstupy podpořily porozumění a zájem žáků. Díky menšímu počtu účastníků byl prostor pro individuální přístup, praktické ukázky i zodpovězení všech dotazů.

Zpětná vazba od učitelů byla mimořádně pozitivní – ocenili nejen obsah kurzu, ale i přátelskou atmosféru a praktické zaměření. Mnozí z nich projevili zájem o pokračování v podobě navazujícího kurzu.

Aktuálně se u nás učitelé mohou školit v právě probíhajícím webináři věnovanému Parazitům v lidském zdraví. Ten probíhá všechny listopadové středy v podvečer a účastní se ho téměř 4 desítky učitelů.

Do konce roku pro učitele chystáme ještě několik kurzů:

Výuka fyziky s aplikací Phyphox (11.11.)

SYNTÉZA LUMINOLU A DEMONSTRACE CHEMILUMINISCENCE - praktický seminář pro učitele chemie (21. a 22. 11.)

Zpátky do lavic - přednáškový víkend pro středoškolské pedagogy a jejich žáky (22. a 23.11.)

Více o kurzech pro pedagogy naleznete zde

Back to Dept. of Chemistry

Interdisciplinary meeting of young life scientists

Milovy

May 18-21, 2025

More info